[发明专利]一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法

摘要

本发明提出了一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法，本方案采用密码子对使用频度对目的基因进行优化，不光考虑单个密码子使用频度，同时考虑两个密码子联合使用情况，即：相邻密码子的关系，挑选物种中两个tRNA连用时频度较高的密码子对对目标基因进行优化起到关键作用。

主权项

1.一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)选择一个表达目的基因的物种，选取该物种大于1000条蛋白高表达的基因，根据这些基因统计该物种的密码子对实际使用频度；(2)根据互联网数据库获得该物种密码子表，计算出该物种密码子对理论使用频度；(3)根据实际使用频度和理论使用频度建立该物种的密码子对使用频度表(4)选择一个要优化的目的基因，设定低效密码子对的参数标准，根据需要设定划分低效密码子对的参数，主要有两个参数：1，密码子对的实际使用频度mov；2，密码子对在该物种中的实际使用频度和理论使用频度的比值R＝mov/mev；mov和R值越大表明此密码子对越容易被物种采用，即使R值比较大mov的绝对值也可能小，所以要两个参数联合限制，判定密码子对使用频度表中低效密码子对和高效密码子对；(5)根据此标准逐个将orf中的密码子对到密码子对使用频度表中去对比分析，并将所有被认为低效的密码子对标定出来；(6)对低效密码子对用高效的统一密码子对代替，对替换后的序列重复步骤(5)操作，直到orf序列中不存在低效密码子对。