[发明专利]一种水稻基因快速精细定位的方法

摘要

本发明涉及对水稻种质资源基因进行快速精细定位的技术方法，该方法主要包括以下步骤：1)选用遗传变异广泛的水稻品种为供体分别与同一轮回亲本杂交、回交和对回交导入系随机群体进行高产、抗旱、耐盐等目标性状选择，获得目标性状的选择导入系群体；2)对多亲本的选择导入系群体进行非目标性状表型考察，利用高通量测序得到的基因型和表型通过全基因组关联分析定位影响非目标性状的QTL；3)采用高密度SNP基因型鉴定QTL置信区间内重组株系，选择导入频率低的重组株系结合表型值进一步精细定位QTL。本发明方法适用于进行了高密度测序的多亲本回交群体的数量性状QTL定位和精细定位，缩短了基因图位克隆的时间、大大加快了分子育种进程。

主权项

1.一种对水稻基因快速精细定位的方法，该方法包括如下步骤：1)选用不同水稻品种为供体分别与同一轮回亲本杂交和回交，得到同一背景下的多个回交导入群体；2)在回交导入系群体构建过程中，以轮回亲本为对照，对导入系群体进行高产、抗旱和/或耐盐筛选，将每个群体目标性状好于轮回亲本的个体入选，获得不同目标性状的选择导入系群体；3)采用二代测序方法提取步骤2)中目标性状选择导入系群体所有个体的DNA，鉴定高通量的SNP基因型；4)选择导入系群体进行多年、多点的非目标性状表型鉴定；5)采用全基因组均匀分布的低密度的SNP基因型，进行全基因组关联分析定位非目标性状QTL，确定QTL置信区间；6)利用高密度SNP基因型鉴定置信区间内存在交换且供体导入频率低的导入系，结合导入系非目标性状的表型值，在置信区间内精细定位QTL，缩小QTL区间。