[发明专利]一种高效的全基因组染色质构象技术eHi-C

摘要

本发明公开了一种高效的全基因组染色质构象技术eHi‑C。本发明提供了一种细胞eHi‑C测序技术，包括如下步骤：1)裂解细胞得到染色质；2)将所述染色质依次经酶切、DNA末端标记、钝端环化连接、DNA纯化，得到纯化后环状DNA；3)引入作为内参的环状共沉淀DNA分子；4)超声打断；5)免疫磁珠抓取带有所述标记物的DNA片段；6)用所述带有所述标记物的DNA片段制备eHi‑C测序文库。本发明的实验证明了，本发明的方法细胞需要量少，较易获得实验材料，节约收集材料时间，大大降低细胞培养成本，试剂耗材成本，降低试验误差。

主权项

1.一种细胞eHi‑C测序文库的制备方法，包括如下步骤：1）裂解细胞得到染色质；所述裂解为先裂解所述细胞的细胞膜，得到细胞核；再裂解所述细胞核，得到染色质；2）将所述染色质依次经酶切、DNA末端标记、钝端环化连接、DNA纯化，得到纯化后环状DNA；3）将纯化后环状DNA和作为内参的环状共沉淀DNA分子混匀，得到混合物；再将所述混合物依次经外切酶酶切去除线性化DNA和再次进行所述DNA纯化的步骤，得到纯化后环状共沉淀DNA和环状DNA混合物；4）将所述纯化后环状共沉淀DNA和环状DNA混合物超声打断，得到片段化环状共沉淀DNA和环状DNA混合物；5）从所述片段化环状共沉淀DNA和环状DNA混合物中用免疫磁珠抓取带有所述标记物的DNA片段；6）用所述带有所述标记物的DNA片段制备eHi‑C测序文库；步骤1）中，所述裂解所述细胞的细胞膜为用含有质量百分含量0.1% SDS 和质量百分含量1% PI的裂解缓冲液裂解；所述裂解所述细胞核为先用含有质量百分含量为1% SDS和质量百分含量1% PI的裂解缓冲液裂解，再用含有质量百分含量0.1% SDS 和质量百分含量1% PI的裂解缓冲液裂解；步骤1）中，所述细胞的数量为大于等于1 million；步骤2）中，所述酶切将所述染色质用限制性内切酶缓冲液重悬，得到重悬后染色质；将所述重悬后染色质和所述限制性内切酶混匀，反应，得到酶切后DNA；步骤2）和步骤3）中，所述DNA纯化采用磁珠纯化的方式；步骤3）中，所述作为内参的环状共沉淀DNA分子为质粒DNA分子；步骤3）中，所述外切酶为Lambda和RecJf。