[发明专利]一种针对单细胞转录组数据的降噪声算法在审
申请号: | 201611014369.3 | 申请日: | 2016-11-18 |
公开(公告)号: | CN106777870A | 公开(公告)日: | 2017-05-31 |
发明(设计)人: | 邹欣 | 申请(专利权)人: | 邹欣;上正大(上海)基因生物工程有限公司 |
主分类号: | G06F19/00 | 分类号: | G06F19/00 |
代理公司: | 上海旭诚知识产权代理有限公司31220 | 代理人: | 郑立 |
地址: | 200240 上海市闵行区*** | 国省代码: | 上海;31 |
权利要求书: | 查看更多 | 说明书: | 查看更多 |
摘要: | 本发明公开了一种针对单细胞转录组数据的降噪声算法,涉及分子生物学领域,包括步骤1、计算每一个基因的平均表达水平μ和方差σ2;步骤2、μ和σ2被配置为有以下关系σ2=a0μ2+a1μ;步骤3、已知a0,a1和μ,噪声的方差水平σ02用a0μ2+a1μ来估计;步骤4、建立数据读数筛选准则;步骤5、输出的结果中只包含高可靠的基因表达数值。本发明的优点是可以全自动的判定数据的可靠性,从而找出受噪声影响的大基因表达值读数。这个过程基于统计最优化原则,摒除了人为因素的干扰,从而提高了数据处理效率,降低了信息丢失的可能性。 | ||
搜索关键词: | 一种 针对 单细胞 转录 数据 噪声 算法 | ||
【主权项】:
一种针对单细胞转录组数据的降噪声算法,其特征在于,包括:步骤1、计算每一个基因的平均表达水平μ和方差σ2;步骤2、μ和σ2被配置为有以下关系:σ2=a0μ2+a1μ;步骤3、通过使用回归模型建立μ和σ2之间的关系,从而估计a0,a1的值。基于估计的a0,a1和每一个基因的平均表达水平μ,噪声的方差水平σ02用a0μ2+a1μ来估计;步骤4、建立数据读数筛选准则;步骤5、输出的结果中只包含高可靠的基因表达数值。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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