[发明专利]棉花微卫星标记位点开发方法与微卫星标记位点内的微卫星标记的长度检测方法

摘要

本发明公开了一种棉花微卫星标记位点开发方法与微卫星标记位点内的微卫星标记的长度检测方法。所述开发方法包括：获得混合样本；提取混合样本的基因组；将基因组片段化，获得基因组片段；利用探针组分别与基因组片段进行杂交；纯化多个杂交溶液中成功杂交的基因组片段；将多个所述纯化的杂交基因组片段混合后，利用高通量测序检测所述纯化的基因组片段；获得有效的所述高通量测序片段；将所述有效的高通量测序片段进行分类。所述检测方法包括：选择待检测的微卫星标记位点；利用多重扩增引物扩增所述待检测的微卫星标记位点内的微卫星标记，获得所述微卫星标记位点内的微卫星标记的长度。上述方法简单、快速、全面且准确。

主权项

1.一种棉花微卫星标记位点开发方法，其特征在于，所述开发方法包括：/n将n个具有多态性的棉花样本等质量混合，获得混合样本，其中n＞1，选择所述n个具有多态性的棉花样本的方法包括：选择外部形态不同的棉花样本、生物分类不同的棉花样本、标记互不相同的棉花样本或不同生态区域的野生资源的棉花样本；/n提取所述混合样本的基因组；/n将所述混合样本的基因组片段化，获得基因组片段；/n将多个具有简单重复序列的探针作为探针组，利用所述探针组中的每个探针分别与所述基因组片段进行杂交，获得多个杂交溶液，所述探针的数量为12个，每个所述探针的简单重复序列中的重复单元为CT、GA、TG、AC、TA、TGT、CCA、ATC、CCT、AGA、ATG或CAA，每个所述探针的简单重复序列的重复次数为6～20，对多个所述杂交溶液中成功杂交的基因组片段分别进行纯化，得到多个纯化的杂交基因组片段；/n将多个所述纯化的杂交基因组片段等质量混合后，利用高通量测序检测混合后的所述纯化的杂交基因组片段，获得第一高通量测序片段；/n从所述第一高通量测序片段中，筛选有效的所述高通量测序片段，所述有效的高通量测序片段包括微卫星标记位点内的微卫星标记，所述有效的高通量测序片段中的所述微卫星标记的两侧序列的碱基数均≥1个，且所述有效的高通量测序片段中的所述微卫星标记中至少有一侧的序列的碱基数≥10个；/n根据所述有效的高通量测序片段中的微卫星标记的两侧序列的同源性对所述有效的高通量测序片段进行分类，同一类的所述有效的高通量测序片段为同一个微卫星标记位点的所述有效的高通量测序片段，若同一个所述微卫星标记位点的所述有效的高通量测序片段的条数≥α1，则成功开发一个所述微卫星标记位点，其中，α1为第一判定阈值且α1≥(高通测序深度×有效的高通量测序片段的比例/基因组上能检测到的微卫星标记位点数)×概率保证。/n