[发明专利]基于生物信息的选育良种系统及其算法

摘要

本发明涉及生物技术领域，具体公开了一种基于生物信息的选育良种系统及其算法，整合了全基因组选择中个体间的连锁不平衡和连锁分析关系信息，更加全面有效地利用了个体的基因组数据信息和系谱信息，可更好地发挥基因组选择在农业育种领域的优势，预测候选群体个体的全基因组育种值并计算其与仿真数据中该个体的真实育种值之间的相关系数作为全基因组育种值预测的准确性指标，能准确预测以实现高效率特异性育种此外本发明提供的方法也有助于检测和确定与某些特异性状相关联的功能基因，有助于实现特异性育种。

主权项

一种基于生物信息的选育良种系统，其特征在于，具体实施步骤如下：一、采用全基因组选择方法,首先获取参考群体和候选群体个体的基因组数据，其中，采用SNP遗传标记来获取基因型数据；二、获取系谱文件并进行预处理，向上追溯父母系谱信息至少5代及以上，系谱文件需要包含个体编号、父亲编号和母亲编号至少三段信息，在系谱文件中筛选具有基因型数据的基因分型个体，向上追溯父母系谱信息至少5代及以上以获得GA系谱；通过基因分型个体的基因型数据信息对系谱文件中父母及后代亲缘关系进行亲子鉴定以核查GA系谱文件，当根据基因型数据获得的亲子鉴定结果与原始GA系谱文件所显示的亲子关系不一致时，应以基因型数据获得的亲子鉴定结果为基准重新编排原始GA系谱文件；三、在完成基因型数据的预处理并得到了GA系谱文件后，通过LDMIP方法来完成，具体的LDMIP方法，如下:A、GA系谱中未基因分型的祖先个体，推知其基因型数据；B、根据基因型数据和GA系谱信息，计算个体等位基因从父母处遗传的遗传几率；C、通过LDMIP程序的计算结果可以建立起GA系谱中参考群体和候选群体之间的LDLA关系矩阵，这一关系矩阵既包括参考群体和候选群体之间基于基因型信息的个体亲缘关系，又包括参考群体和候选群体之间基于系谱信息的血缘关系，得到LDLA关系矩阵之后，对其求逆，然后通过混合模型方程组求解候选群体个体的全基因组育种值；D、同时利用个体等位基因从父母处遗传的遗传几率计算可以示踪等位基因在系谱中世代传递信息，如可以用于检测和确定与疾病相关的功能基因，有助于选育抗病能力强的个体。