[发明专利]基因组序列比对方法及装置

摘要

本发明公开了一种基因组序列比对方法及装置，包括：从待比对的基因组序列文件中读取部分基因组序列；按照双向BWT比对算法、单端动态规划比对算法和双端动态规划比对算法，将所述部分基因组序列与参考基因组序列进行比对；在按照前述任一比对算法比对结束后，当所述部分基因组序列中不存在没有比对上的序列时，从待比对的基因组序列文件中读取新的部分基因组序列，按照上述步骤继续进行比对；重复上述步骤，直至全部比对完成所述待比对的基因组序列文件，输出比对结果。本发明提出的基因组序列比对方法及装置，能够解决基因组序列比对算法的耗时较长、处理进度慢、消耗资源多的问题。

主权项

1.一种基因组序列比对方法，其特征在于，包括：步骤101：从待比对的基因组序列文件中读取部分基因组序列；步骤102：按照双向BWT比对算法，将所述部分基因组序列与参考基因组序列进行比对；步骤103：当按照双向BWT比对算法比对结束后，所述部分基因组序列中至少存在一对reads中仅有一条read比对上时，按照单端动态规划比对算法，将所述部分基因组序列中仅有一条read比对上的每对reads，与参考基因组序列再次进行比对；步骤104：当单端动态规划比对算法比对结束后，所述部分基因组序列中还至少存在一对reads中两条read均未比对上时，按照双端动态规划比对算法，将所述部分基因组序列中两条read均未比对上的每对reads，与参考基因组序列再次进行比对；步骤105：在按照前述任一比对算法比对结束后，当所述部分基因组序列中不存在没有比对上的序列时，从待比对的基因组序列文件中读取新的部分基因组序列，按照上述步骤继续进行比对；重复步骤102至步骤105，直至全部比对完成所述待比对的基因组序列文件，输出比对结果；其中，按照单端动态规划比对算法比对基因组序列的方法，具体包括：确定一对reads中的一条比对到所述参考基因组序列上的特定位置；根据预设位置范围阈值，选取所述特定位置周围的特定范围；在所述特定范围内使用动态规划算法对一对reads中的没有被比对上的另一条进行比对；按照双端动态规划比对算法比对基因组序列的方法，具体包括：对一对reads中的每条分别构建种子；将每一个种子比对到参考基因组序列上；若在所述参考基因组序列的某一区域，所述reads的两条分别有相应的种子比对上，则该区域为最终比对位置的候选区域；在所述候选区域内使用动态规划算法分别对所述reads的两条进行比对。