[发明专利]一种光合通路基因调控网络的构建方法

摘要

本发明提供了一种光合通路基因调控网络的构建方法，包括以下步骤：1)获得物种的光合通路基因的SNP数据；2)对物种的表型性状测定，得到表型数据；3)利用所述步骤1)得到的SNP数据和所述步骤2)得到的表型数据进行基因位点间的上位性模式检测，确定两两基因间的相互作用关系；4)验证所述步骤3)得到基因间的相关性；5)以所述步骤3)得到具有相关性的基因为候选基因，构建基因调控网络；所述步骤1)和步骤2)之间没有时间顺序限制。本发明提供的构建方法综合考虑基因位点变异及生物群体表型，通过计算位点间上位性，更精确地构建基因调控网络，并且对光合作用机理的研究及其改良具有重要的理论意义和实用价值。

主权项

1.一种光合通路基因调控网络的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：1)获得物种的光合通路基因的SNP数据；2)对物种的表型性状测定，得到表型数据；3)利用所述步骤1)得到的SNP数据和所述步骤2)得到的表型数据进行基因位点间的上位性模式检测，确定两两基因间的相互作用关系；所述上位性模式检测包括以下步骤：A.利用episnp软件将所述SNP数据与表型数据进行基因位点间的上位性模式检测；B.对所述步骤A得到的检测结果采用FDR进行多重检测，选择FDR值小于等于0.01，得到筛选后的SNP相互作用对；C.根据所述步骤B得到的SNP相互作用对，按照式I所示公式计算两两基因的相互作用权值；式I中，所述F_i为两位点的上位性效应值，u_i为两位点对应表型的群体均值，p_i为两位点交互作用的P值；其中，F_i和p_i由episnp软件提供；所述越大，表明两基因间相互作用关系越强；4)验证所述步骤3)得到基因间的相关性；5)以所述步骤3)得到具有相关性的基因为候选基因，构建基因调控网络；所述步骤1)和步骤2)之间没有时间顺序限制。