[发明专利]番茄212个SNP位点及其在鉴定番茄品种真实性和种子纯度中的应用

摘要

本发明公开了番茄212个SNP位点及其在鉴定番茄品种真实性和种子纯度中的应用。本发明公开的应用中，212个SNP位点的物理位置是基于番茄品种Heinz 1706的全基因组序列比对确定的，番茄品种Heinz 1706的全基因组序列的版本号为SL2.50。本发明利用212个SNP位点建立了快速准确、经济简便、稳定可靠的番茄DNA指纹鉴定标准实验体系，并在此基础上开发了一种适用于番茄指纹图谱库构建及品种真实性鉴定、种子纯度鉴定的方法。本发明的鉴定番茄品种品种真实性和种子纯度的方法，在时间上充分提高了实验效率，具有快速、准确、操作方便等优势，并且鉴定结果不受环境影响。

主权项

用于检测212个SNP位点基因型的成套引物，所述212个SNP位点用于鉴定番茄品种真实性或种子纯度，所述成套引物由636条引物组成；所述636条引物的序列为序列表中的序列1‑636；所述212个SNP位点的物理位置是基于番茄品种Heinz 1706的全基因组序列比对确定的，所述番茄品种Heinz 1706的全基因组序列的版本号为SL2.50；所述212个SNP位点的编号为001‑212；编号为001‑212的所述212个SNP位点如下：编号为001的SNP，位于1号染色体上第0.045434Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为002的SNP，位于1号染色体上第2.73078Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为003的SNP，位于1号染色体上第4.94068Mb位，其脱氧核苷酸为C或G；编号为004的SNP，位于1号染色体上第5.346991Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为005的SNP，位于1号染色体上第35.6528Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为006的SNP，位于1号染色体上第38.11854Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为007的SNP，位于1号染色体上第61.72534Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为008的SNP，位于1号染色体上第62.26901Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为009的SNP，位于1号染色体上第64.68474Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为010的SNP，位于1号染色体上第69.658Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为011的SNP，位于1号染色体上第70.57979Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为012的SNP，位于1号染色体上第82.43982Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为013的SNP，位于1号染色体上第85.74456Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为014的SNP，位于1号染色体上第86.67566Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为015的SNP，位于1号染色体上第87.97816Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为016的SNP，位于1号染色体上第89.63835Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为017的SNP，位于2号染色体上第11.04179Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为018的SNP，位于2号染色体上第20.06917Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为019的SNP，位于2号染色体上第29.09583Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为020的SNP，位于2号染色体上第30.74572Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为021的SNP，位于2号染色体上第31.97777Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为022的SNP，位于2号染色体上第32.28019Mb位，其脱氧核苷酸为A或T；编号为023的SNP，位于2号染色体上第34.19574Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为024的SNP，位于2号染色体上第36.98729Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为025的SNP，位于2号染色体上第37.07024Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为026的SNP，位于2号染色体上第38.82365Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为027的SNP，位于2号染色体上第39.28342Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为028的SNP，位于2号染色体上第39.90754Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为029的SNP，位于2号染色体上第40.33921Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为030的SNP，位于2号染色体上第41.79621Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为031的SNP，位于2号染色体上第42.08372Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为032的SNP，位于2号染色体上第44.80992Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为033的SNP，位于2号染色体上第47.19692Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为034的SNP，位于3号染色体上第0.071076Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为035的SNP，位于3号染色体上第1.034466Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为036的SNP，位于3号染色体上第1.584114Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为037的SNP，位于3号染色体上第2.372139Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为038的SNP，位于3号染色体上第6.762654Mb位，其脱氧核苷酸为A或T；编号为039的SNP，位于3号染色体上第7.928813Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为040的SNP，位于3号染色体上第11.51176Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为041的SNP，位于3号染色体上第20.51835Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为042的SNP，位于3号染色体上第25.24066Mb位，其脱氧核苷酸为A或T；编号为043的SNP，位于3号染色体上第29.69632Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为044的SNP，位于3号染色体上第43.64149Mb位，其脱氧核苷酸为A或T；编号为045的SNP，位于3号染色体上第46.08324Mb位，其脱氧核苷酸为A或T；编号为046的SNP，位于3号染色体上第52.95356Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为047的SNP，位于3号染色体上第53.87434Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为048的SNP，位于3号染色体上第54.1316Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为049的SNP，位于3号染色体上第56.84717Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为050的SNP，位于3号染色体上第58.80321Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为051的SNP，位于4号染色体上第0.32382Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为052的SNP，位于4号染色体上第1.170841Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为053的SNP，位于4号染色体上第2.915842Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为054的SNP，位于4号染色体上第3.636527Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为055的SNP，位于4号染色体上第4.647789Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为056的SNP，位于4号染色体上第7.96314Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为057的SNP，位于4号染色体上第16.13138Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为058的SNP，位于4号染色体上第18.16391Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为059的SNP，位于4号染色体上第19.19722Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为060的SNP，位于4号染色体上第25.26375Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为061的SNP，位于4号染色体上第33.22058Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为062的SNP，位于4号染色体上第38.35447Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为063的SNP，位于4号染色体上第44.80683Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为064的SNP，位于4号染色体上第47.39335Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为065的SNP，位于4号染色体上第52.41565Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为066的SNP，位于4号染色体上第54.98036Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为067的SNP，位于4号染色体上第61.95416Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为068的SNP，位于4号染色体上第62.12947Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为069的SNP，位于4号染色体上第64.02571Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为070的SNP，位于5号染色体上第0.723105Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为071的SNP，位于5号染色体上第1.664103Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为072的SNP，位于5号染色体上第3.987657Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为073的SNP，位于5号染色体上第4.829681Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为074的SNP，位于5号染色体上第8.156622Mb位，其脱氧核苷酸为C或G；编号为075的SNP，位于5号染色体上第10.11251Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为076的SNP，位于5号染色体上第13.05044Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为077的SNP，位于5号染色体上第15.26224Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为078的SNP，位于5号染色体上第20.2699Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为079的SNP，位于5号染色体上第22.07159Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为080的SNP，位于5号染色体上第23.53952Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为081的SNP，位于5号染色体上第28.96179Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为082的SNP，位于5号染色体上第29.17359Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为083的SNP，位于5号染色体上第32.9513Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为084的SNP，位于5号染色体上第33.08109Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为085的SNP，位于5号染色体上第39.65131Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为086的SNP，位于5号染色体上第57.19484Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为087的SNP，位于6号染色体上第0.056871Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为088的SNP，位于6号染色体上第3.502385Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为089的SNP，位于6号染色体上第5.388527Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为090的SNP，位于6号染色体上第9.850825Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为091的SNP，位于6号染色体上第12.0404Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为092的SNP，位于6号染色体上第21.80713Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为093的SNP，位于6号染色体上第23.97049Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为094的SNP，位于6号染色体上第28.5227Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为095的SNP，位于6号染色体上第30.03995Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为096的SNP，位于6号染色体上第35.10193Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为097的SNP，位于6号染色体上第38.38438Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为098的SNP，位于6号染色体上第41.39804Mb位，其脱氧核苷酸为C或G；编号为099的SNP，位于6号染色体上第43.66786Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为100的SNP，位于6号染色体上第45.12877Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为101的SNP，位于6号染色体上第31568608Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为102的SNP，位于6号染色体上第31973016Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为103的SNP，位于7号染色体上第1.899088Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为104的SNP，位于7号染色体上第2.126922Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为105的SNP，位于7号染色体上第2.131288Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为106的SNP，位于7号染色体上第2.881365Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为107的SNP，位于7号染色体上第2.883786Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为108的SNP，位于7号染色体上第3.077621Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为109的SNP，位于7号染色体上第3.446974Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为110的SNP，位于7号染色体上第3.447127Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为111的SNP，位于7号染色体上第3.459Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为112的SNP，位于7号染色体上第3.460132Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为113的SNP，位于7号染色体上第3.74528Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为114的SNP，位于7号染色体上第7.464234Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为115的SNP，位于7号染色体上第55.25066Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为116的SNP，位于7号染色体上第55.83269Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为117的SNP，位于7号染色体上第57.04789Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为118的SNP，位于7号染色体上第57.09386Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为119的SNP，位于7号染色体上第57.41732Mb位，其脱氧核苷酸为C或G；编号为120的SNP，位于7号染色体上第57.6886Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为121的SNP，位于8号染色体上第0.913468Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为122的SNP，位于8号染色体上第2.580771Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为123的SNP，位于8号染色体上第2.832551Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为124的SNP，位于8号染色体上第2.849019Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为125的SNP，位于8号染色体上第2.908556Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为126的SNP，位于8号染色体上第3.259346Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为127的SNP，位于8号染色体上第3.398342Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为128的SNP，位于8号染色体上第3.422383Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为129的SNP，位于8号染色体上第3.576039Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为130的SNP，位于8号染色体上第3.682416Mb位，其脱氧核苷酸为A或T；编号为131的SNP，位于8号染色体上第7.61621Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为132的SNP，位于8号染色体上第50.44021Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为133的SNP，位于8号染色体上第51.66938Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为134的SNP，位于8号染色体上第53.16639Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为135的SNP，位于8号染色体上第53.4522Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为136的SNP，位于8号染色体上第53.69072Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为137的SNP，位于8号染色体上第55.10821Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为138的SNP，位于9号染色体上第0.488188Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为139的SNP，位于9号染色体上第0.828588Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为140的SNP，位于9号染色体上第1.464537Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为141的SNP，位于9号染色体上第2.135101Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为142的SNP，位于9号染色体上第4.910398Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为143的SNP，位于9号染色体上第10.50469Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为144的SNP，位于9号染色体上第17.88147Mb位，其脱氧核苷酸为C或G；编号为145的SNP，位于9号染色体上第43.66587Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为146的SNP，位于9号染色体上第44.82069Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为147的SNP，位于9号染色体上第45.82798Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为148的SNP，位于9号染色体上第50.16907Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为149的SNP，位于9号染色体上第60.7656Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为150的SNP，位于9号染色体上第66.03151Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为151的SNP，位于9号染色体上第72030940Mb位，其脱氧核苷酸为C或G；编号为152的SNP，位于10号染色体上第0.482363Mb位，其脱氧核苷酸为A或T；编号为153的SNP，位于10号染色体上第1.692739Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为154的SNP，位于10号染色体上第2.335513Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为155的SNP，位于10号染色体上第2.347648Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为156的SNP，位于10号染色体上第3.017289Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为157的SNP，位于10号染色体上第49.92426Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为158的SNP，位于10号染色体上第49.99294Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为159的SNP，位于10号染色体上第51.50706Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为160的SNP，位于10号染色体上第52.87208Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为161的SNP，位于10号染色体上第57.33084Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为162的SNP，位于10号染色体上第58.95726Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为163的SNP，位于10号染色体上第59.98888Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为164的SNP，位于10号染色体上第60.36048Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为165的SNP，位于10号染色体上第60.63177Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为166的SNP，位于10号染色体上第62.86526Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为167的SNP，位于10号染色体上第63.92803Mb位，其脱氧核苷酸为A或T；编号为168的SNP，位于10号染色体上第64.1127Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为169的SNP，位于11号染色体上第0.791672Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为170的SNP，位于11号染色体上第6.627532Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为171的SNP，位于11号染色体上第7.977515Mb位，其脱氧核苷酸为A或T；编号为172的SNP，位于11号染色体上第10.8567Mb位，其脱氧核苷酸为T或G；编号为173的SNP，位于11号染色体上第18.4603Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为174的SNP，位于11号染色体上第21.62884Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为175的SNP，位于11号染色体上第22.39079Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为176的SNP，位于11号染色体上第22.94759Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为177的SNP，位于11号染色体上第26.84261Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为178的SNP，位于11号染色体上第27.8444Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为179的SNP，位于11号染色体上第28.59856Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为180的SNP，位于11号染色体上第30.44706Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为181的SNP，位于11号染色体上第31.82784Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为182的SNP，位于11号染色体上第32.78062Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为183的SNP，位于11号染色体上第36.24589Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为184的SNP，位于11号染色体上第40.37068Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为185的SNP，位于11号染色体上第45.86818Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为186的SNP，位于11号染色体上第47.08372Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为187的SNP，位于11号染色体上第48.94358Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为188的SNP，位于11号染色体上第50.58335Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为189的SNP，位于11号染色体上第52.80119Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为190的SNP，位于11号染色体上第53.11108Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为191的SNP，位于12号染色体上第1.333225Mb位，其脱氧核苷酸为A或T；编号为192的SNP，位于12号染色体上第2.301609Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为193的SNP，位于12号染色体上第3.531946Mb位，其脱氧核苷酸为C或G；编号为194的SNP，位于12号染色体上第4.038565Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为195的SNP，位于12号染色体上第5.718726Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为196的SNP，位于12号染色体上第7.491187Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为197的SNP，位于12号染色体上第9.150573Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为198的SNP，位于12号染色体上第10.57986Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为199的SNP，位于12号染色体上第14.05589Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为200的SNP，位于12号染色体上第15.12109Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为201的SNP，位于12号染色体上第15.67073Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为202的SNP，位于12号染色体上第35.816Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为203的SNP，位于12号染色体上第35.81825Mb位，其脱氧核苷酸为A或T；编号为204的SNP，位于12号染色体上第43.7096Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为205的SNP，位于12号染色体上第45.64381Mb位，其脱氧核苷酸为A或G；编号为206的SNP，位于12号染色体上第46.62045Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为207的SNP，位于12号染色体上第47.2218Mb位，其脱氧核苷酸为C或G；编号为208的SNP，位于12号染色体上第47.22191Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为209的SNP，位于12号染色体上第47.8426Mb位，其脱氧核苷酸为A或C；编号为210的SNP，位于12号染色体上第47.88662Mb位，其脱氧核苷酸为T或C；编号为211的SNP，位于12号染色体上第58.45174Mb位，其脱氧核苷酸为A或T；编号为212的SNP，位于12号染色体上第63.14754Mb位，其脱氧核苷酸为A或T。