[发明专利]一种检测牛PCAF基因单核苷酸多态性的RFLP方法及试剂盒有效
| 申请号： | 201611193789.2 | 申请日： | 2016-12-21 |
| 公开（公告）号： | CN106498083B | 公开（公告）日： | 2019-11-29 |
| 发明（设计）人： | 陈宏;刘梅;赵晶晶;李波;陈杰;蓝贤勇;黄永震;布仁朝格图 | 申请（专利权）人： | 西北农林科技大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6858 | 分类号： | C12Q1/6858;C12Q1/6888 |
| 代理公司： | 61200 西安通大专利代理有限责任公司 | 代理人： | 范巍<国际申请>=<国际公布>=<进入国 |
| 地址： | 712100 陕*** | 国省代码： | 陕西;61 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种检测牛PCAF基因单核苷酸多态性的RFLP方法及试剂盒，以牛基因组DNA为模板，PCR扩增牛PCAF基因片段，用限制性内切酶消化PCR扩增产物，再对酶切后的片段进行琼脂糖凝胶电泳，根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定牛PCAF基因内含子13和3’UTR区单核苷酸多态性。以GenBank Accession No.AC_000158.1为参考，检测到的PCAF基因第61908位、第62131位和第73406位3个SNPs与牛多种重要生长性状相关。本发明提供的在DNA水平上检测PCAF基因SNP的RFLP方法可用于中国肉牛生长性状的标记辅助选择，以便快速建立遗传资源优良的肉牛种群。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 检测 pcaf 基因 核苷酸 多态性 rflp 方法 试剂盒 | ||
【主权项】：
1.一种检测牛PCAF基因单核苷酸多态性的RFLP方法，其特征在于：包括以下步骤：/n以待测牛全基因组DNA为模板，以引物对P1、P2或P3为引物，PCR扩增牛PCAF基因片段，然后利用限制性内切酶HindIII对根据引物对P1扩增得到的产物S1进行酶切或利用限制性内切酶ApaI对根据引物对P2或P3扩增得到的产物S2或S3进行酶切，再对酶切后的产物片段进行琼脂糖凝胶电泳，根据凝胶成像系统分析电泳后片段大小，鉴定牛PCAF基因上单核苷酸多态性位点的基因型；/n所述引物对P1为：/n上游引物F1：5`-GGGTTCCCACTGCACAGGCCAAGCT-3`/n下游引物R1：5`-GTCCATCAGACGCCCCCACACAGAG-3`；/n所述引物对P2为：/n上游引物F2：5`-ACCTTCAAGGCCTTTTACATGCGGG-3`/n下游引物R2：5`-TCAAAGAGGAATGGACACAGGCAGA-3`；/n所述引物对P3为：/n上游引物F3：5`-CTCTTCCCAGTCTCACTTTTGTGGG-3`/n下游引物R3：5`-AGGCACACTGTTTGATGAGTTTCTA-3`/n根据凝胶成像系统分析S1酶切电泳片段大小，鉴定牛PCAF基因上单核苷酸多态性位点存在的三种基因型：TT基因型表现为21bp和57bp的条带，CC基因型表现为78bp的条带，TC基因型表现为78bp、57bp和21bp的条带，所鉴定的牛PCAF基因单核苷酸多态性位点与福牛体长显著相关，其中TT基因型可以作为一个提高牛生长性状的候选分子遗传标记；根据凝胶成像系统分析S2酶切电泳片段大小，鉴定牛PCAF基因上单核苷酸多态性位点存在的三种基因型：CC基因型表现为191bp和27bp的条带，TT基因型表现为218bp的条带，TC基因型表现为218bp、191bp和27bp的条带，所鉴定的牛PCAF基因单核苷酸多态性位点与秦川牛胸宽、体高、腰角宽和十字部高显著相关，与福牛管围极显著相关，其中TT基因型可以作为一个提高牛生长性状的候选分子遗传标记；根据凝胶成像系统分析S3酶切电泳片段大小，鉴定牛PCAF基因上单核苷酸多态性位点存在的三种基因型：CC基因型表现为287bp和27bp的条带，TT基因型表现为314bp的条带，CT基因型表现为314bp、287bp和27bp的条带，所鉴定的牛PCAF基因单核苷酸多态性位点与牦牛体重极显著相关，其中TT基因型可以作为一个提高牛生长性状的候选分子遗传标记。/n
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