[发明专利]一种膜蛋白残基的作用关系的预测方法和装置在审
| 申请号： | 201611264831.5 | 申请日： | 2016-12-30 |
| 公开（公告）号： | CN106650309A | 公开（公告）日： | 2017-05-10 |
| 发明（设计）人： | 张慧玲;魏彦杰;郭宁;贝振东;朱昱寰 | 申请（专利权）人： | 中国科学院深圳先进技术研究院 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 深圳中一专利商标事务所44237 | 代理人： | 陈宇 |
| 地址： | 518000 广东省深圳*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 一种膜蛋白残基的作用关系的预测方法包括获取已解析蛋白质结构的膜蛋白作为训练集；提取所述已解析蛋白质结构的膜蛋白中用于区分相互作用的残基对和非相互作用的残基对的非均衡分类的特征；将所提取的非均衡分类的特征通过smote‑boost算法训练预测模型；根据训练后的预测模型，预测未知蛋白质结构的膜蛋白残基的作用关系。由于使用非均衡分类的特征进行预测模型的训练，从而使得训练后的预测模型能够避免有用信息的流失，有利于提高预测的精准度和覆盖度。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 膜蛋白 残基 作用 关系 预测 方法 装置 | ||
【主权项】：
一种膜蛋白残基的作用关系的预测方法，其特征在于，所述方法包括：获取已解析蛋白质结构的膜蛋白作为训练集；提取所述已解析蛋白质结构的膜蛋白中用于区分相互作用的残基对和非相互作用的残基对的非均衡分类的特征；将所提取的非均衡分类的特征通过smote‑boost算法训练预测模型，得到训练后的预测模型；根据训练后的预测模型，预测未知蛋白质结构的膜蛋白残基的作用关系。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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