[发明专利]游离DNA的片段化模式的分析

摘要

描述影响游离DNA(例如血浆DNA)的片段化模式的因素和游离DNA片段化模式分析的应用，包括在分子诊断学中的应用。各种应用可以使用片段化模式的特性来确定特定组织类型的比例贡献，以确定特定组织类型(例如母体样品中的胎儿组织或来自癌症患者的样品中的肿瘤组织)的基因型，和/或识别特定组织类型的优选的结束位置，其然后可以用于确定特定组织类型的比例贡献。

主权项

1.分析生物样品以确定来自包括第一组织类型的多个组织类型的游离DNA分子的混合物中的所述第一组织类型的比例贡献的分类的方法，所述生物样品包括所述混合物，所述方法包括：识别所述第一组织类型的游离DNA分子的末端以高于阈值的比率出现的基因组位置的第一集合；通过计算机系统分析来自个体的所述生物样品的第一多个游离DNA分子，其中分析游离DNA分子包括：确定对应于所述游离DNA分子的至少一个末端的参考基因组中的基因组位置；基于所述第一多个游离DNA分子的所述分析，确定第一数目的所述第一多个游离DNA分子结束于多个窗口中的一个内，每一窗口包括所述基因组位置的第一集合中的至少一个；通过使用游离DNA分子的第二数目对所述第一多个游离DNA分子的所述第一数目进行标准化来计算结束于所述多个窗口中的一个内的所述第一多个游离DNA分子的相对丰度，其中所述第二数目的游离DNA分子包括结束于基因组位置的第二集合处的游离DNA分子，所述基因组位置的第二集合在包括所述基因组位置的第一集合的所述多个窗口之外；和通过比较所述相对丰度与一个或多个校准值确定所述第一组织类型的所述比例贡献的分类，所述校准值由一个或多个已知所述第一组织类型的比例贡献的校准样品确定。