[发明专利]使用分级反向索引表的DNA比对

摘要

用于构建可用于将检索序列与参考数据匹配的分级索引表的系统和方法。所述索引表可经构建以含有与给定长度的所有子序列的穷尽性列表相关联的条目，其中每个条目含有在所述参考数据中的每个子序列的匹配的数量和位置。可以迭代方式构建所述分级索引表，其中基于匹配的数量大于一组相应阈值中的每一个，选择性地和迭代地构建用于每个延长子序列的条目。所述分级索引表可用于搜索在检索序列和参考数据之间的匹配，并且对每个相应候选匹配执行错配鉴别和表征。

主权项

一种用于将检索序列与参考数据匹配的方法，所述方法包含：通过计算装置执行：a)将参考数据存储在存储器中；b)基于所述参考数据创建分级索引表，其中所述创建包含创建在所述分级索引表中的多个层级处的多个条目，其中对于在每个相应层级n处的条目，其中n为非零正整数，所述创建包含响应于所述相应层级n条目的匹配准则为大于阈值，创建在所述分级索引表中用于相应层级n条目的额外n+1层级条目；c)接收指定检索序列的输入；和d)使用所述分级索引表，对所述参考数据搜索所述检索序列的子区段的匹配。