[发明专利]用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法

摘要

公开了用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法。所述方法包括：从群体的实验油棕榈植物的样品确定至少第一SNP基因型，所述第一SNP基因型对应于第一SNP标记，所述第一SNP标记位于用于高产油量性状的第一QTL中，并且在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少3.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联，或者相对于与所述第一SNP标记连锁的第一其他SNP标记具有至少0.2的连锁不平衡r2值，所述第一其他SNP标记在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少3.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联。所述方法还包括将所述第一SNP基因型与相应的第一参考SNP基因型进行比较，并基于SNP基因型的匹配程度预测所述实验植物的棕榈油产量。

主权项

1.一种用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法，所述方法包括以下步骤：(i)从油棕榈植物群体的实验油棕榈植物的样品确定所述实验油棕榈植物的至少第一单核苷酸多态性(SNP)基因型，所述第一SNP基因型对应于第一SNP标记，所述第一SNP标记(a)位于用于高产油量性状的第一数量性状基因座(QTL)中，并且(b)在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少3.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联，或者相对于与所述第一SNP标记连锁的第一其他SNP标记具有至少0.2的连锁不平衡r2值，所述第一其他SNP标记在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少3.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联；(ii)将所述实验油棕榈植物的所述第一SNP基因型与在与所述群体相同遗传背景下指示所述高产油量性状的相应的第一参考SNP基因型进行比较；以及(iii)基于所述实验油棕榈植物的所述第一SNP基因型与所述相应的第一参考SNP基因型的匹配程度来预测所述实验油棕榈植物的棕榈油产量，其中所述第一QTL是对应于以下中的一个的油棕榈基因组的区域：(1)QTL区域1，从染色体1的核苷酸18204491延伸至18358401；(2)QTL区域2，从染色体1的核苷酸18922390延伸至19167923；(3)QTL区域3，从染色体1的核苷酸19188077延伸至19685080；(4)QTL区域4，从染色体1的核苷酸23276098延伸至23456770；(5)QTL区域5，从染色体1的核苷酸26021716延伸至26066534；(6)QTL区域6，从染色体1的核苷酸28110016延伸至28234799；(7)QTL区域7，从染色体1的核苷酸29798161延伸至30164329；(8)QTL区域8，从染色体1的核苷酸30684639延伸至31160129；(9)QTL区域9，从染色体1的核苷酸37811723延伸至38637229；(10)QTL区域10，从染色体1的核苷酸38659012延伸至39206652；(11)QTL区域11，从染色体1的核苷酸39243858延伸至39842157；(12)QTL区域12，从染色体1的核苷酸61305818延伸至61572106；(13)QTL区域13，从染色体2的核苷酸1068379延伸至1516571；(14)QTL区域14，从染色体2的核苷酸1616491延伸至2016169；(15)QTL区域15，从染色体2的核苷酸17637996延伸至17959911；(16)QTL区域16，从染色体2的核苷酸20732085延伸至20977490；(17)QTL区域17，从染色体2的核苷酸31844836延伸至31980071；(18)QTL区域18，从染色体2的核苷酸50449700延伸至50857310；(19)QTL区域19，从染色体2的核苷酸50879601延伸至51539414；(20)QTL区域20，从染色体2的核苷酸52821582延伸至52960520；(21)QTL区域21，从染色体3的核苷酸42585292延伸至42728875；(22)QTL区域22，从染色体4的核苷酸9561644延伸至9701199；(23)QTL区域23，从染色体4的核苷酸12469969延伸至13409114；(24)QTL区域24，从染色体4的核苷酸14672228延伸至14789226；(25)QTL区域25，从染色体5的核苷酸395189延伸至842107；(26)QTL区域26，从染色体5的核苷酸47205529延伸至47293291；(27)QTL区域27，从染色体5的核苷酸48857594延伸至48932286；(28)QTL区域28，从染色体6的核苷酸5943980延伸至6002717；(29)QTL区域29，从染色体6的核苷酸6337822延伸至6563232；(30)QTL区域30，从染色体6的核苷酸6818733延伸至7281658；(31)QTL区域31，从染色体6的核苷酸17578027延伸至18209857；(32)QTL区域32，从染色体6的核苷酸26204516延伸至26755007；(33)QTL区域33，从染色体6的核苷酸36492757延伸至36494757；(34)QTL区域34，从染色体7的核苷酸219790延伸至1533149；(35)QTL区域35，从染色体8的核苷酸8700733延伸至9242332；(36)QTL区域36，从染色体8的核苷酸23767318延伸至23957652；(37)QTL区域37，从染色体8的核苷酸26648547延伸至26848102；(38)QTL区域38，从染色体9的核苷酸606020延伸至1309231；(39)QTL区域39，从染色体9的核苷酸3499347延伸至3638435；(40)QTL区域40，从染色体9的核苷酸28437588延伸至28513671；(41)QTL区域41，从染色体9的核苷酸28581068延伸至28912034；(42)QTL区域42，从染色体9的核苷酸32327318延伸至32434321；(43)QTL区域43，从染色体9的核苷酸32538074延伸至32540074；(44)QTL区域44，从染色体9的核苷酸32775289延伸至33054696；(45)QTL区域45，从染色体9的核苷酸33133902延伸至33254107；(46)QTL区域46，从染色体10的核苷酸15342814延伸至15405953；(47)QTL区域47，从染色体11的核苷酸15933273延伸至15943963；(48)QTL区域48，从染色体12的核苷酸12178551延伸至12249693；(49)QTL区域49，从染色体13的核苷酸2052746延伸至2447722；(50)QTL区域50，从染色体13的核苷酸14345084延伸至14709650；(51)QTL区域51，从染色体13的核苷酸22031000延伸至22147560；(52)QTL区域52，从染色体15的核苷酸23588504延伸至24307350；(53)QTL区域53，从染色体16的核苷酸1511530延伸至1596020；(54)QTL区域54，从染色体16的核苷酸2684531延伸至2803682；(55)QTL区域55，从染色体16的核苷酸5535711延伸至5995857；(56)QTL区域56，从染色体16的核苷酸8379248延伸至8554851；或(57)QTL区域57，从染色体16的核苷酸8883687延伸至9269845。