[发明专利]液滴测序中的稀疏标识空间

摘要

描述了用于确定靶核酸的序列的方法。该方法使用具有已知序列和独特标识的多个对照寡核苷酸将与多个测序探针相关联的杂交信号映射至松散堆积的多维染料空间，使得染料空间中的区域可以与一个或多个测序探针相关联。当测序探针和靶核酸的检测到的靶杂交信号被映射至多维染料空间时，可以基于与该检测到的靶杂交信号所映射至的区域相关联一个或多个测序探针确定测序探针以及因此靶核酸中的相应核苷酸。

主权项

1.一种确定靶核酸的序列的方法，所述方法包括通过计算机系统进行：对于多个对照分区的各对照分区，各对照分区包括多个对照液滴，所述多个对照液滴的各对照液滴包括多个对照寡核苷酸的相应对照寡核苷酸的拷贝，所述多个对照寡核苷酸中的各对照寡核苷酸具有已知序列和相应的标识(ID)：对于所述对照分区的多个对照液滴的各对照液滴：接收对照杂交信号，该信号指示来自多个测序探针的测序探针与所述对照液滴中的相应对照寡核苷酸的拷贝之间的杂交；确定所述对照液滴中的对照寡核苷酸的ID；将所述对照杂交信号映射至染料空间中的多维对照数据点；和存储与所述对照寡核苷酸的ID相关的多维对照数据点；对于所述多个测序探针的各测序探针：基于所述多个对照寡核苷酸的已知序列接收测序探针位向量，其中测序探针位向量中的每个位表示多个对照寡核苷酸的相应对照寡核苷酸中是否存在该测序探针；就包括所述靶核酸的拷贝的第一靶分区的第一靶液滴，接收第一靶杂交信号；将所述第一靶杂交信号映射至染料空间中的第一多维靶数据点；选择包括所述第一多维靶数据点的染料空间中的区域；生成所述区域的区域向量，其中所述区域向量中的各值表示所述区域内具有所述相应对照寡核苷酸的ID的任何多维对照数据点的贡献；和基于所述区域向量与就第一测序探针的第一测序探针位向量之间的匹配条件，将第一测序探针鉴定为与所述靶核酸杂交。