[发明专利]使用在胎儿和怀孕雌性动物之间差异甲基化的DNA区域检测胎儿染色体非整倍性

摘要

本发明涉及检测怀孕雌性动物所携带的胎儿中染色体非整倍性的方法。这类方法基于两个或更多个DNA的区域的具体配置和/或检测和/或分析中的一个或多个，包括在来源于胎儿(和/或胎儿胎盘)的细胞的DNA和母体来源的DNA之间显示出差异甲基化的那些。这些方法使用了采集自所述怀孕雌性动物的样品，所述样品包含与母体来源的差异甲基化DNA混合的来源于胎儿和/或胎儿胎盘的细胞的DNA。这些方法具有诊断、预后和/或预测应用；具体地，用于胎儿中染色体非整倍性如三体性的检测/诊断，和/或用于检测怀孕雌性动物经受或发展妊娠相关医学病况的升高的风险。本发明还涉及可以在这些方法的实践中使用的、适用的或与之有关的组合物、试剂盒、计算机程序产品和其他方面。

主权项

1.用于检测怀孕雌性动物所携带的胎儿中染色体非整倍性的方法，所述方法包括以下步骤：(a)提供采集自所述怀孕雌性动物的样品，所述样品包含与母体来源的差异甲基化DNA混合的来源于胎儿和/或胎儿胎盘的细胞的DNA；(b)用差异修饰甲基化和非甲基化DNA的试剂处理存在于所述样品中的DNA；(c)通过检测所述样品中位于所述染色体上的两个或更多个第一目标差异甲基化区域(DMR)处甲基化的存在，确定所述样品中作为与染色体非整倍性相关的染色体的第一目标DNA物质的量，所述第一目标DMR在来源于胎儿和/或胎儿胎盘的细胞的DNA和母体来源的DNA之间差异甲基化，通过所述试剂对所述第一目标DMR的DNA的修饰对DNA甲基化敏感，其中在一个或多个所述第一目标DMR处所检测的甲基化DNA的量表示所述样品中第一目标DNA物质的量；(d)通过检测所述样品中位于所述参考染色体上的两个或更多个参考DMR处的甲基化的存在，确定所述样品中作为一个或多个参考染色体的参考DNA物质的量，所述参考DMR在来源于胎儿和/或胎儿胎盘的细胞的DNA和母体来源的DNA之间差异甲基化，通过所述试剂对这些参考DMR的DNA的修饰对DNA甲基化敏感，其中在一个或多个所述参考DMR处所检测的甲基化DNA的量表示所述样品中参考DNA物质的量；和(e)确定根据步骤(c)所确定的量和根据步骤(d)所确定的量的相对量，优选比值，其中一个或多个所述相对量表示胎儿中染色体非整倍性的存在或不存在，其中，使用所述样品的相同的DNA等份并且在相同容器中，并且有效地同时对于所述第一目标DMR和所述参考DMR进行步骤(c)和步骤(d)中的所述检测，并且：(x)对于至少两个所述参考DMR使用相同的可检测标记物；和(y)对于至少两个所述第一目标DMR，使用不同的可检测标记物。