[发明专利]一种低频率基因融合的检测方法及装置

摘要

本发明公开了一种低频率基因融合的检测方法及装置。其中，该检测方法包括以下步骤：S1，从全血中提取cfDNA；S2，对cfDNA进行末端修复及3’端添加A碱基；S3，连接含有随机标签序列的接头；S4，设计多重PCR的引物进行目标区域捕获；S5，对S4的PCR产物进行磁珠纯化，去除掉未非特异性扩增的小片段DNA及引物二聚体；S6，对S5的产物进行PCR扩增，同时引入index序列，得到ctDNA超低频突变的文库；S7，上机测序，S8，对文库测序后的数据通过随机标签序列进行聚类分析；以及S9，剩余的数据质控合格后进入变异检测分析。应用本发明的技术方案，提高了低频突变检测灵敏度。

主权项

一种低频率基因融合的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：S1，从全血中提取cfDNA；S2，对所述cfDNA进行末端修复及3’端添加A碱基；S3，将所述S2得到的cfDNA的末端连接含有随机标签序列的接头；S4，根据所述接头的序列及目标区域设计多重PCR的引物进行目标区域捕获，所述多重PCR的引物中上游引物为通用引物，匹配所述接头的序列，下游引物为扩增所述目标区域的特异性引物；S5，对所述S4的PCR产物进行磁珠纯化，去除掉未非特异性扩增的小片段DNA及引物二聚体；S6，对所述S5的产物进行PCR扩增，同时引入index序列，得到ctDNA超低频突变的文库；S7，采用Illumina Hiseq X平台对所述文库进行上机测序，S8，对所述文库测序后的数据通过随机标签序列进行聚类分析，排除掉PCR扩增错误及测序错误产生的序列数据；以及S9，剩余的数据质控合格后进入变异检测分析。