[发明专利]一种优化的16S rDNA高通量测序物种比对方法

摘要

本发明涉及一种优化的16S rDNA高通量测序物种比对方法，按照以下步骤进行：建立Greengenes数据库、RDP数据库、Silva数据库和NCBI 16S rDNA数据库；将Greengenes数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；分别将NCBI 16S rDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；分别将得到的字符串信息与步骤2)中得到的字符串信息进行对比，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤2)得到的字符串信息完全一致，则将数据库中的taxonomy信息去除，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤步骤2)得到的字符串信息不一致，则将taxonomy信息导入到Greengenes数据库中。利用改良的序列比对方法和信息全面的比对数据库，能够从高通量数据中获得更加详实的实验结果。分析者能够根据结果找到与更多实验密切相关的菌种，有利于推进医疗、卫生、环境科学的发展。

主权项

1.一种优化的16S rDNA高通量测序物种比对方法，其特征在于，按照以下步骤进行：1)、建立Greengenes数据库、RDP数据库、Silva数据库和NCBI 16S rDNA数据库；2)、将Greengenes数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；3)、分别将步骤1)中的NCBI 16S rDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；4)、分别将步骤3)中得到的字符串信息与步骤2)中得到的字符串信息进行对比，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤2)得到的字符串信息完全一致，则将NCBI 16S rDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库中的taxonomy信息去除，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤步骤2)得到的字符串信息不一致，则将NCBI 16S rDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库中的taxonomy信息导入到Greengenes数据库中形成新的Greengenes数据库；所述的NCBI 16S rDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库定期自动检索NCBI数据库，并将 NCBI数据库中的数据信息导入到自身的数据库中；所述步骤3)中的转化后的字符串信息首先进行格式化处理，格式化处理后的字符串信息与步骤2)中得到的字符串信息 的格式相同；所述的NCBI数据库中的数据是通过Web搜索来进行更新的。