[发明专利]使用三代序列优化二代组装结果的方法和装置有效
| 申请号： | 201710093627.X | 申请日： | 2017-02-21 |
| 公开（公告）号： | CN108460245B | 公开（公告）日： | 2020-11-06 |
| 发明（设计）人： | 贺丽娟;邓天全;刘亚斌;杨林峰;高强 | 申请（专利权）人： | 深圳华大基因科技服务有限公司 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10;G16B30/20 |
| 代理公司： | 深圳鼎合诚知识产权代理有限公司 44281 | 代理人： | 孙银行;彭家恩 |
| 地址： | 518083 广东省深圳市*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种使用三代序列优化二代组装结果的方法和装置。该方法包括：获取二代组装结果和三代组装结果；以三代组装结果为参考序列，将二代组装结果比对到参考序列；获取二代组装结果的间隙序列两侧的重叠群序列中比对到参考序列和未比对到参考序列的序列；将未比对到参考序列的序列替换为间隙序列，得到新的间隙序列；对新的间隙序列，使用三代数据进行补洞得到优化后的二代组装结果。本发明能够提高基因组组装指标和拼接的准确性。 | ||
| 搜索关键词： | 使用 序列 优化 二代 组装 结果 方法 装置 | ||
【主权项】：
1.一种使用三代序列优化二代组装结果的方法，其特征在于，所述方法包括：获取二代组装结果和三代组装结果，其中所述二代组装结果包括重叠群序列和所述重叠群序列之间的间隙序列；以所述三代组装结果为参考序列，将所述二代组装结果比对到所述参考序列；获取所述二代组装结果的间隙序列两侧的重叠群序列中比对到所述参考序列和未比对到所述参考序列的序列；将所述未比对到所述参考序列的序列替换为间隙序列，使得所述二代组装结果的间隙序列延长，得到新的间隙序列；对所述新的间隙序列，使用三代数据进行补洞得到优化后的二代组装结果，优选地，所述三代数据包括原始数据、纠错数据、组装结果或者经过其他处理的数据。
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