[发明专利]一种植物DNA甲基化组织特异性获取方法

摘要

本发明提供了一种植物DNA甲基化组织特异性的获取方法，包括以下步骤：提取植物组织基因组DNA；酶切连接得到连接产物；对连接产物进行PCR预扩增；将得到的PCR预扩增产物稀释后，加入筛选引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；电泳检测，统计DNA条带，将(1,0)记为H，(0,1)记为M，(0,0)和(1,1)记为N，对统计结果赋值，使H＝M＝1，N＝0；根据赋值，利用公式1得到DNA甲基化片段的组织特异性：利用公式2得到DNA甲基化片段组织特异性的偏好性。采用本发明的技术方案实现了植物组织DNA甲基化特异性的定量分析，为后续的组织特异性的DNA甲基化调控基因表达研究提供了技术支持。

主权项

一种植物DNA甲基化组织特异性的获取方法，包括以下步骤：1)提取植物组织基因组DNA；2)在同一酶切体系中，用同裂酶和EcoRI对所述步骤1)得到的植物组织基因组DNA进行酶切，得到酶切产物，再对酶切产物连接限制性内切酶的接头，得到连接产物；所述同裂酶为Hpa II或Msp I；3)以所述步骤2)接头为模板设计预扩增引物，再以所述预扩增引物对所述步骤2)得到连接产物进行PCR预扩增，得PCR预扩增产物；4)将所述步骤3)PCR预扩增产物稀释后，加入带有选择性碱基的筛选引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；5)电泳检测所述步骤4)得到的PCR扩增产物，统计DNA条带，将(1,0)记为H，H代表半甲基化修饰的位点，将(0,1)记为M，M代表全甲基化修饰的位点，(0,0)和(1,1)记为N，N代表无效信息位点和非甲基化位点，对统计结果赋值，使H＝M＝1，N＝0；6)根据所述步骤5)的赋值，利用公式1得到DNA甲基化片段的组织特异性：公式1中，n代表分析使用植物组织的数量，i代表第i个DNA甲基化片段，j代表第j个组织，M＝1，H＝1，Ti代表第i个DNA甲基化片段的甲基化模式组织特异性值；Ti等于0代表在全部组织中发生甲基化，Ti等于1代表仅在一个组织中发生了甲基化；利用公式2得到DNA甲基化片段组织特异性的偏好性：公式2中，n代表分析使用植物组织的数量，i代表第i个DNA甲基化片段，j代表第j个组织，M＝1，H＝1，Bi代表第i个DNA甲基化片段的甲基化模式在组织中偏好性，Bi在[‑1,0)之间代表该片段在组织中甲基化模式偏好为全甲基化模式，Bi在(0,1]之间代表该片段在组织中甲基化模式偏好为半甲基化模式，Bi＝0时代表该片段在组织中甲基化模式没有偏好性。