[发明专利]利用mRNA表达谱与circRNA表达谱联合筛选脊髓损伤时间基因的方法

摘要

本发明涉及一种利用mRNA表达谱与circRNA表达谱联合筛选脊髓损伤时间基因的方法，属于医学技术领域。本发明提供的方法利用mRNA表达谱与circRNA表达谱联合筛选脊髓损伤时间基因，进而能够指导患者在脊髓损伤后能够在最合适的治疗时间用药，提高治愈效果。

主权项

一种利用mRNA表达谱与circRNA表达谱联合筛选脊髓损伤时间基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1、通过mRNA和circRNA表达谱芯片检测基因的表达值，采用过滤式特征基因选择方法对检测到的基因的相关性进行排序，去除低相关度基因，留下与脊髓损伤组和正常组密切相关的特征基因；步骤2、将采用过滤式特征基因选择方法获取的mRNA和circRNA特征基因进行合并，形成基因池U；步骤3、通过遗传算法，对基因池U进一步选择基因，消除冗余基因，搜索获得一个最优特征的最优基因集S，使其具有最少的基因数量和更好的分类性能；步骤4、通过比较不同时间脊髓损伤组和正常组的mRNA与circRNA联合表达谱的不同、样本间的数据从而选出差异表达的基因；基于差异表达的基因，进行差异基因表达模式聚类分析、Gene Ontology功能显著性富集分析、Pathway显著性富集分析以及蛋白互作网络分析；步骤5、对差异表达基因预测，挑选score值大于140，自由能小于‑20的作为可靠的靶基因；再从靶基因中挑选有显著差异的，用剩余部分RNA对构建的脊髓损伤组和正常组发病时间目的靶基因进行验证。