[发明专利]肿瘤驱动基因的检测芯片及其应用

摘要

本发明公开了肿瘤驱动基因的检测芯片及其应用，上述肿瘤驱动基因的检测芯片包括ALK融合检测剂、EGFR融合检测剂、RET融合检测剂以及ROS1融合检测剂。通过特异性的针对ALK、EGFR、RET以及ROS1设计相应的融合探针，临床检测的结果表明，该检测芯片灵敏度高，能够特异性的检测ALK、EGFR、RET以及ROS1在特定的位点区域是否与融合片断发生基因融合。进一步包括用于检测基因突变第二序列组以及用于检测基因扩增的第三序列组的检测芯片，通过一次检测即能够同时检测包括ALK、BRAF、DDR2、EGFR、ERBB2、FGFR1、KRAS、MET、NRAS、PIK3CA、RET以及ROS1在内的多种肿瘤驱动基因是否发生基因融合、基因突变及基因扩增。

主权项

1.一种肿瘤驱动基因的检测芯片，其特征在于，所述检测芯片上包括用于检测基因融合的第一序列组，所述第一序列组包括ALK融合检测剂、EGFR融合检测剂、RET融合检测剂以及ROS1融合检测剂；所述ALK融合检测剂用于检测ALK基因与融合片断融合后形成的ALK融合基因；所述EGFR融合检测剂用于检测EGFR基因与所述融合片断融合后形成的EGFR融合基因；所述RET融合检测剂用于检测RET基因与所述融合片断融合后形成的RET融合基因；所述ROS1融合检测剂用于检测ROS1基因与所述融合片断融合后形成的ROS1融合基因；所述ALK融合检测剂针对2号染色体第29446129～29448537位点区域内的ALK基因设计；所述EGFR融合检测剂针对7号染色体第55267769～55269109位点区域内的EGFR基因设计；所述RET融合检测剂针对10号染色体第43610118～43612098位点区域内的RET基因设计；所述ROS1融合检测剂针对6号染色体第117640938～117658598位点区域内的ROS1基因设计；所述融合片断源自CCDC6基因、CD74基因、CLTC基因、ERC1基因、EZR基因、GOLGA5基因、GOPC基因、KIF5B基因、KLC1基因、KTN1基因、LRIG3基因、NCOA4基因、NPM1基因、PRKAR1A基因、PURB基因、RAD51基因、SDC4基因、SLC34A2基因、STRN基因、TFG基因、TPM3基因、TRIM24基因及TRIM33基因；所述ALK融合检测剂包括如SEQ ID No.1～SEQ ID No.27所示的核苷酸链，所述EGFR融合检测剂包括如SEQ ID No.28～SEQ ID No.46所示的核苷酸链，所述RET融合检测剂包括如SEQ ID No.47～SEQ ID No.78所示的核苷酸链，所述ROS1融合检测剂包括如SEQ ID No.79～SEQ ID No.195所示的核苷酸链；如SEQ ID No.1所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446129～29446249位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.2所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446189～29446309位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.3所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446249～29446369 位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.4所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446309～29446429位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.5所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446396～29446489位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.6所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446429～29446549位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.7所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446489～29446609位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.8所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29446549～29446669位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.9所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447338～29447457位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.10所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447397～29447517位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.11所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447457～29447577位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.12所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447517～29447637位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.13所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447577～29447697位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.14所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447637～29447757位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.15所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447697～29447817位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.16所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447757～29447877位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.17所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447817～29447937位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.18所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447877～29447997位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.19所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447937～29448057位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.20所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29447997～29448117位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.21所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448057～29448177位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.22所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448117～29448237位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.23所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448177～29448297位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.24所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448237～29448357位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.25所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448297～29448417位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.26所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448357～29448477位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.27所示的核苷酸链用于检测2号染色体第29448417～29448537位点区域的ALK基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.28所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55267769～55267889位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.29所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55267829～55267949位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.30所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55267889～55268009位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.31所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55267949～55268069位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.32所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268009～55268129位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.33所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268069～55268189位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.34所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268129～55268249位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.35所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268189～55268309位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.36所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268249～55268369位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.37所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268309～55268428位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.38所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268595～55268715位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.39所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268629～55268749位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.40所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268640～55268760位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.41所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268689～55268809位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.42所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268749～55268869位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.43所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268809～55268929位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.44所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268869～55268989位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.45所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268929～55269049位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.46所示的核苷酸链用于检测7号染色体第55268989～55269109位点区域的EGFR基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.47所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610118～43610238位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.48所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610178～43610298位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.49所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610238～43610358位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.50所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610298～43610418位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.51所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610358～43610478位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.52所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610418～43610538位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.53所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610478～43610598位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.54所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610538～43610658位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.55所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610598～43610718位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.56所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610658～43610778位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.57所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610718～43610838位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.58所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610778～43610898位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.59所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610838～43610958位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.60所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610898～43611018位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.61所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43610958～43611078位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.62所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611018～43611138位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.63所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611078～43611198位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.64所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611138～43611258位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.65所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611198～43611318位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.66所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611258～43611378位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.67所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611318～43611438位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.68所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611378～43611498位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.69所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611438～43611558位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.70所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611498～43611618位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.71所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611558～43611678位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.72所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611618～43611738位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.73所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611678～43611798位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.74所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611738～43611858位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.75所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611798～43611918位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.76所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611858～43611978位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.77所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611918～43612038位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；如SEQ ID No.78所示的核苷酸链用于检测10号染色体第43611978～43612098位点区域的RET基因是否与所述融合片断发生基因融合；所述检测芯片上还包括用于检测基因突变第二序列组以及用于检测基因扩增的第三序列组；所述第二序列组包括ALK突变检测剂、BRAF突变检测剂、DDR2突变检测剂、EGFR突变检测剂、ERBB2突变检测剂、FGFR1突变检测剂、KRAS突变检测剂，MET突变检测剂、NRAS突变检测剂、PIK3CA突变检测剂、RET突变检测剂以及ROS1突变检测剂；所述第三序列组包括ALK扩增检测剂、MET扩增检测剂、PIK3CA扩增检测剂以及FGFR1扩增检测剂；所述ALK突变检测剂针对2号染色体上外显子1～外显子27中的ALK突变基因进行设计，所述BRAF突变检测剂针对7号染色体外显子11～外显子15中的BRAF突变基因进行设计，DDR2突变检测剂针对1号染色体外显子1～外显子19中DDR2突变基因进行设计，EGFR突变检测剂针对7号染色体外显子18～外显子21中EGFR突变基因进行设计，ERBB2突变检测剂针对17号染色体外显子8～外显子21中ERBB2突变基因进行设计，FGFR1突变检测剂针对8号染色体外显子1～外显子19中FGFR1突变基因进行设计，KRAS突变检测剂针对12号染色体外显子1～外显子6中的KRAS突变基因进行设计，MET突变检测剂针对7号染色体外显子1～外显子21中的MET突变基因进行设计，NRAS突变检测剂针对1号染色体上外显子2和外显子3的NRAS突变基因进行设计，PIK3CA突变检测剂针对3号染色体上外显子1～外显子21中的PIK3CA突变基因进行设计，RET突变检测剂针对10号染色体上外显子1～外显子20中的RET突变基因进行设计，ROS1突变检测剂针对6号染色体上外显子1～外显子44中的ROS1突变基因进行设计；所述ALK扩增检测剂针对2号染色体外显子1～外显子27中的ALK扩增基因进行设计，所述MET扩增检测剂针对7号染色体外显子1～外显子21中的MET扩增基因进行设计，所述PIK3CA扩增检测剂针对3号染色体上外显子1～外显子21中的PIK3CA扩增基因进行设计，所述FGFR1扩增检测剂针对8号染色体外显子1～外显子19中FGFR1扩增基因进行设计；所述ALK扩增检测剂包括如SEQ ID No.196～SEQ ID No.197所示的核苷酸链；所述MET扩增检测剂包括如SEQ ID No.198～SEQ ID No.199所示的核苷酸链；所述检测芯片上还包括CCDC6融合检测剂、CD74融合检测剂、CLTC融合检测剂、ERC1融合检测剂、EZR融合检测剂、GOLGA5融合检测剂、GOPC融合检测剂、KIF5B融合检测剂、KLC1融合检测剂、KTN1融合检测剂、LRIG3融合检测剂、NCOA4融合检测剂、NPM1融合检测剂、PRKAR1A融合检测剂、PURB融合检测剂、RAD51融合检测剂、SDC4融合检测剂、SLC34A2融合检测剂、STRN融合检测剂、TFG融合检测剂、TPM3融合检测剂、TRIM24融合检测剂及TRIM33融合检测剂；所述CCDC6融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.200所示；所述CD74融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.201所示；所述CLTC融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.202所示；所述ERC1融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.203所示；所述EZR融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.204所示；所述GOLGA5融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.205所示；所述GOPC融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.206所示；所述KIF5B融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.207所示；所述KLC1融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.208所示；所述KTN1融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.209所示；所述LRIG3融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.210所示；所述NCOA4融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.211所示；所述NPM1融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.212所示；所述PRKAR1A融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.213所示；所述PURB融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.214所示；所述RAD51融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.215所示；所述SDC4融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.216所示；所述SLC34A2融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.217所示；所述STRN融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.218所示；所述TFG融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.219所示；所述TPM3融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.220所示；所述TRIM24融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.221所示；所述TRIM33融合检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.222所示；所述ALK突变检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.223所示；所述BRAF突变检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.224所示；所述DDR2突变检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.225所示；所述EGFR突变检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.226所示；所述ERBB2突变检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.227所示；所述FGFR1突变检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.228所示；所述KRAS突变检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.229所示；所述MET突变检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.230所示；所述NRAS突变检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.231所示；所述PIK3CA突变检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.232所示；所述RET突变检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.233所示；所述ROS1突变检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.234 所示；所述PIK3CA扩增检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.235所示；所述FGFR1扩增检测剂扩增检测剂的核苷酸链如SEQ ID No.236所示。