[发明专利]一种基于SAXS的蛋白质与表面活性剂复合物模型及解析方法在审
申请号: | 201710227978.5 | 申请日: | 2017-04-10 |
公开(公告)号: | CN107016257A | 公开(公告)日: | 2017-08-04 |
发明(设计)人: | 孙洋;简.斯科夫.彼得森;克里斯蒂亚诺.奥利维拉 | 申请(专利权)人: | 湖北文理学院 |
主分类号: | G06F19/12 | 分类号: | G06F19/12 |
代理公司: | 北京汇信合知识产权代理有限公司11335 | 代理人: | 吴甘棠 |
地址: | 441053 湖*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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摘要: | 一种基于SAXS的蛋白质与表面活性剂复合物模型解析方法,根据SAXS不同粒子的形状因子及散射强度通过本发明中公式计算,采用具有普适性的受限自动化SAXS曲线拟合方法,在绝对尺度和体系真实浓度下,计算蛋白质与表面活性剂单体与聚集体复合物结构参数;通过调整体系表面活性剂物理化学参数及浓度、蛋白质浓度等逆向对散射曲线拟合结果调整,获取并解析不同类型表面活性剂与蛋白质复合物单体结构理论模型;同时在计算公式中加入胶团数量和胶团间距离等参数,计算和分析聚集态复合物结构参数和理论模型特征。本发明所提出的解析方法具有原位、无损、无需纯化和单分散蛋白样品来解析蛋白质与表面活性剂复合物结构的特点,应用广泛。 | ||
搜索关键词: | 一种 基于 saxs 蛋白质 表面活性剂 复合物 模型 解析 方法 | ||
【主权项】:
一种基于SAXS的蛋白质与表面活性剂复合物模型解析方法,其特征在于,最终模型散射强度表达式为:I(q)=Sc·nmic·[P(q)+<A(q)>2(S(q)‑1)]+back (23)Sc为整体尺度因子,用于校正表面活性剂较小幅度的浓度变化;溶剂电荷强度ρWT为溶剂电荷强度(电荷数/);VT为表面活性剂疏水链的体积VH为表面活性剂极性基团的体积Nel(T)为表面活性剂疏水链的电荷数;Nel(H)为表面活性剂极性基团的电荷数;c为表面活性剂总浓度(mM);cfree为未构成胶团表面活性剂的浓度(mM),cprot为蛋白质浓度。具体参数说明请详见下文中“具体实施方法”。
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G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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