[发明专利]确定林木次生生长过程中关键lncRNA及其功能的方法有效
| 申请号： | 201710230163.2 | 申请日： | 2017-04-10 |
| 公开（公告）号： | CN108517367B | 公开（公告）日： | 2021-10-26 |
| 发明（设计）人： | 张德强;周大凌;杜庆章 | 申请（专利权）人： | 北京林业大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895 |
| 代理公司： | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 | 代理人： | 赵天月 |
| 地址： | 100083 *** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明公开了确定林木次生生长过程中关键lncRNA及其功能的方法，其包括以下步骤：分别获得同一林木个体的维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的总RNA；分别针对所述维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的总RNA，进行cDNA文库构建及测序；基于测序结果进行lncRNA预测和注释；基于所述维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的lncRNA表达量，进行组织特异性表达分析，以便确定具有组织特异性的lncRNA；将所述具有组织特异性的lncRNA进行序列元件motif预测，以便确定具有组织特异性的lncRNA的motif；以及对具有组织特异性的lncRNA的motif进行功能分析。利用该方法能够有效确定林木次生生长过程中关键lncRNA及其功能，对于进一步挖掘lncRNA在林木次生生长过程中的调控作用意义重大。 | ||
| 搜索关键词： | 确定 林木 次生 生长 过程 关键 lncrna 及其 功能 方法 | ||
【主权项】：
1.一种确定林木次生生长过程中关键lncRNA及其功能的方法，其特征在于，包括以下步骤：分别获得同一林木个体的维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的总RNA；分别针对所述维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的总RNA，进行cDNA文库构建及测序，以便获得测序结果；基于所述测序结果，进行lncRNA预测和注释，以便分别获得所述维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的lncRNA数量、表达量等注释信息；基于所述维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的lncRNA表达量，进行组织特异性表达分析，以便确定具有组织特异性的lncRNA，所述具有组织特异性的lncRNA即为所述林木次生生长过程中的关键lncRNA；将所述具有组织特异性的lncRNA进行序列元件motif预测，以便确定所述具有组织特异性的lncRNA的motif；以及对所述具有组织特异性的lncRNA的motif进行功能分析，以便确定所述林木次生生长过程中关键lncRNA的功能。
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