[发明专利]寒兰基因组中含有SSR位点的基因片段的PCR引物设计方法在审
| 申请号： | 201710235508.3 | 申请日： | 2017-04-12 |
| 公开（公告）号： | CN106929587A | 公开（公告）日： | 2017-07-07 |
| 发明（设计）人： | 罗火林;杨柏云;张亚楠 | 申请（专利权）人： | 南昌大学 |
| 主分类号： | C12Q1/68 | 分类号： | C12Q1/68 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 330031 江西省*** | 国省代码： | 江西;36 |
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| 摘要： | 本发明提供了寒兰基因组中含有SSR位点的基因片段的PCR引物设计方法，该技术方案以寒兰全转录组测序并组装得到的全部68699条Unigene为基础，首先利用MISA工具进行SSR位点筛选，从中得到了9721条含有SSR位点的Unigene。在此基础上，为实现对其有效扩增，本发明基于primer3软件设计了符合上述基因片段PCR扩增特性的批量引物设计方法，通过软件参数的控制，可有效保证所得引物的扩增成功率，同时批量化的获得引物。随机验证发现，本发明所设计的引物在常规PCR扩增条件下获得特异性条带的比率可达56.03％，为寒兰遗传多样性分析、遗传图谱的构建奠定了基础，也为世界范围内寒兰分子生物学数据的对比及统一分析提供了依据。 | ||
| 搜索关键词： | 基因组 含有 ssr 基因 片段 pcr 引物 设计 方法 | ||
【主权项】：
寒兰基因组中含有SSR位点的基因片段的PCR引物设计方法，该方法是利用primer3引物批量设计程序实施的，其特征在于：所述SSR位点的侧翼序列长度不小于50bp；程序的输入参数中：退火温度为55～65℃；上、下游引物的Tm值相差不超过2℃；PCR产物大小为80～300bp；引物长度为18～28bp；GC含量为40～60％。
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