[发明专利]一种榧树转录组序列的EST-SSR标记特异引物及筛选方法

摘要

本发明属于分子生物学DNA标记技术及应用领域，具体涉及一种榧树转录组序列的EST‑SSR标记特异引物的筛选方法，包括：首先对细榧种仁和圆榧种仁转录组数据采用Trinity软件组装，获得转录本序列；然后利用MISA程序对筛选得到的1kb以上的Unigene做SSR位点搜索，对于2‑6个碱基重复单元重复次数依次按照重复次数分别为9、8、5、5、5次的微卫星片段进行筛选分离，从而得到含有微卫星重复的ESTs序列；然后利用Primer3程序进行引物设计，最后对EST‑SSR标记的重复性、稳定性和多态性进行综合评价，得到EST‑SSR标记。本发明可方便快捷的用于做榧属种间及榧树种内不同类型种质资源和遗传多样性的分析。

主权项

榧树转录组序列的EST‑SSR标记特异引物，其特征在于所述的特异引物分别为：ZAFU‑1：F:GGCTATGCTACACCCAAAGAA(SEQ ID NO.1)，R：GGGGCACCACCTATTGTATG(SEQ ID NO.2)；ZAFU‑2：F：TCAAAGTGCAACCGGTACAA(SEQ ID NO.3)，R:CAACAGGCCAACATGGAGTA(SEQ ID NO.4)；ZAFU‑3：F：GGGTTACCCCCTTGCTTTAT(SEQ ID NO.5)，R:CCCTACTTTATTTCCGTGCG(SEQ ID NO.6)；ZAFU‑4：F：GAATTCCCATTCCCATTGTG(SEQ ID NO.7)，R:ACCCCCTTCTGCTCTGATTT(SEQ ID NO.8)；ZAFU‑5：F：AATGAATGCGTGTTACGCTG(SEQ ID NO.9)，R:TTGGAGCGGAAGGAATAATG(SEQ ID NO.10)；ZAFU‑6：F:CCAATTTGTGGAGCGTTTCT(SEQ ID NO.11)，R:TGTGGAAAGGTGGTGAACAA(SEQ ID NO.12)；ZAFU‑7：F:TTTTCCAACTCCAACCCTTG(SEQ ID NO.13)，R:ATGTTTGGGGTTGACGTGTT(SEQ ID NO.14)；ZAFU‑8：F:AATTGGCCCTTCATTCAACA(SEQ ID NO.15)，R:CTAGTGGGTGCATTTGAGCC(SEQ ID NO.16)；ZAFU‑9：F:GGAGCGAGCGTAGCGTATAG(SEQ ID NO.17)，R:GTTGCTGCATCTTCCTCCTC(SEQ ID NO.18)；ZAFU‑10：F:GCCTGGTCTGCTTCTTGTTC(SEQ ID NO.19)，R:AGGCAAAGGCTGCAATAGAA(SEQ ID NO.20)；ZAFU‑11：F:ACATCTGCAAGGCAAGGTTC(SEQ ID NO.21)，R:TTGAATTTTCACCAGGCTCC(SEQ ID NO.22)；ZAFU‑12：F:TGCTAATGTTTGCTTTGAATGG(SEQ ID NO.23)，R:AACAACCTAAACTTTTGCCGAA(SEQ ID NO.24)；ZAFU‑13：F:GAAATTAAACGCGTTCAGGG(SEQ ID NO.25)，R:CATTGCTGTCCGTCTCGTAA(SEQ ID NO.26)；ZAFU‑14：F:CACAATCCTCCATTCATCCA(SEQ ID NO.27)，R:GCCACTGGTGTGATTCTCAA(SEQ ID NO.28)；ZAFU‑15：F:ATTTGATACGACGGAAACGG(SEQ ID NO.29)，R:GGTGGTCAATATCCCATGCT(SEQ ID NO.30)；ZAFU‑16：F:AAGGTTGCCACCTCAGTCAC(SEQ ID NO.31)，R:ACAGAACGTCTCCAACCGAC(SEQ ID NO.32)。