[发明专利]一种基于全局种子打分优选的三代测序序列比对方法有效
| 申请号： | 201710412287.2 | 申请日： | 2017-06-02 |
| 公开（公告）号： | CN107256335A | 公开（公告）日： | 2017-10-17 |
| 发明（设计）人： | 肖传乐 | 申请（专利权）人： | 肖传乐 |
| 主分类号： | G06F19/00 | 分类号： | G06F19/00 |
| 代理公司： | 广州圣理华知识产权代理有限公司44302 | 代理人： | 顿海舟;李唐明 |
| 地址： | 510300 广东省广州市*** | 国省代码： | 广东;44 |
| 权利要求书： | 暂无信息 | 说明书： | 暂无信息 |
| 摘要： | 本发明涉及一种基于全局种子打分优选的三代测序序列比对方法，该方法通过基于全局种子打分优选的三代测序序列比对系统实现，系统包含模块1、模块2、模块3、模块4和模块5。本发明的系统及其系统中的规则和应用方法，实现了本发明的方法大幅降低目前三代测序需要的计算时间和资源，具有良好商业价值。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 全局 种子 打分 优选 三代测序 序列 方法 | ||
【主权项】：
一种基于全局种子打分优选的三代测序序列比对系统，该系统包含模块1、模块2、模块3、模块4和模块5，模块1嵌合快速查找显著候选重叠区域的block数据结构模型，模块2嵌合参考基因组block数据结构的映射规则，模块3嵌合参考基因组索引和测序序列种子序列抽样规则，模块4嵌合匹配块种子匹配数与灵敏度数学模型，模块5嵌合基于块数据结构的全局种子打分模型，其中模块5包含模块5.1、模块5.2和模块5.3，模块5.1嵌合两个种子对之间的两个序列的距离差异因子，模块5.2嵌合两两种子投票打分获取核心匹配种子位置对规则，模块5.3嵌合延伸投票打分获取核心位置对的全局种子投票得分规则。
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