[发明专利]利用核仁磷酸蛋白基因选择山羊生长性状的分子标记方法

摘要

本发明公开了一种利用核仁磷酸蛋白基因选择山羊生长性状的分子标记方法，该方法以山羊基因组DNA序列为模板，在Taq DNA聚合酶、缓冲环境、Mg2+、dNTPs存在的情况下，利用4对引物在PCR条件下进行扩增Nucleophosmin(NPM)基因5'UTR区和外显子1，根据琼脂糖凝胶电泳对其进行目的片段大小判定；采用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测引物P1‑P4的PCR扩增产物，发现引物P3扩增位点存在18bp的碱基缺失，然后对引物P3的扩增产物进行基因分型和基因频率分析，以及与关中奶山羊和波尔山羊的生长性状之间进行关联分析；结果表明：Nucleophosmin基因外显子1由引物P3检测的SNPs位点可用作山羊产生长性状选择的分子标记。

主权项

一种利用核仁磷酸蛋白基因选择山羊生长性状的分子标记方法，其特征在于，按下列步骤进行：1)以山羊基因组DNA为模板，在Taq DNA聚合酶、缓冲环境、Mg2+、dNTPs存在的情况下，利用引物P1～引物P4在PCR条件下进行扩增，筛查山羊Nucleophosmin基因外显子1的碱基突变和缺失；所述引物P1如下：上游引物1F：5'‑TGCTGGAACCAATAGTAGTC‑3'；下游引物1R：5'‑GCCTCTGCAACAACAACA‑3'；所述引物P2如下：上游引物2F：5'‑GAAGCAGAGGCGATGAAT‑3'；下游引物2R：5'‑GGAACCAAGCTACCACAA‑3'；所述引物P3如下：上游引物3F：5'‑AAAACACCACCTGTGGTCAAAC‑3'；下游引物3R：5'‑CTCAACAACCTCATCAAAATCG‑3'；所述引物P4如下：上游引物4F：5'‑AAGTGGTAGCAAGGAACC‑3'；下游引物4R：5'‑CAACCTGGTCAGTCATCC‑3'。所述的PCR扩增的条件是：25μL反应体系，包括有：DNA模板：50ng，2×Taq MasterMix：12.5μl，10μM的上下游引物：各0.5μl，加灭菌水至25μl；所述的PCR扩增反应程序如下：引物P1～引物P4的PCR反应程序为：94℃预变性5min，94℃变性30s，退火温度分别为50℃、50℃、56℃、50℃，退火时间30s，72℃延伸30s，共进行35个循环，最后72℃充分延伸10min，4℃保存；2)根据琼脂糖凝胶电泳对引物P1～引物P4的PCR扩增产物进行大小判定，发现引物P3扩增位点存在18bp的碱基缺失；3)采用12％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测引物P3的PCR扩增产物，然后对引物P3的PCR扩增产物进行基因分型和基因频率分析，以及与关中奶山羊和波尔山羊的生产性状之间进行关联分析，结果如下：纯合型AA在233bp位缺失AGACGATGATGCTGATGA共18个碱基，纯合型AA在体重、体长指标比杂合型AB有明显优势。