[发明专利]一种电压-门控钠离子通道的结构预测方法

摘要

本发明公开了一种适用于电压‑门控钠离子通道的结构预测的方法，具体涉及一种基于模板构建真核电压‑门控钠离子通道Nav1.5孔道结构域开放态的结构模建方法。首先通过rosetta的膜蛋白同源模建方法，以获得晶体三极结构的细菌钠离子通道模板，初步构建组成Nav1.5孔道结构域的四个亚基结构；然后根据各个构建模型的打分情况进行排序，挑选得分最高的结构作为各个结构域的初始结构；然后利用将构建完成的四个亚基结构分别比对到4CBC的四个亚基上并对组装完成的整体结构进行优化；以已有局部麻醉剂类药物的结构数据和试验数据为基础，与优化完的结构进行分子对接，根据已有实验结果设定筛选和评价策略，确定构建模型的可靠性。

主权项

一种适用于电压‑门控钠离子通道的结构预测方法，其特征在于，所述的方法包括以下步骤：1)收集Nav1.5_PD不同结构域的氨基酸序列，利用HHpred在线服务，分别完成四个亚基与相应模板的序列比对，确定组成孔道结构域的四个亚基的序列组成，并生成多序列比对文件；2)利用rosetta膜蛋白的同源模建方法，首先将序列比对完全比对的部分进行拷贝，然后将不能与模板序列比对的部分利用de novo的片段拼接方法生成片段结构，最终对于Nav1.5孔道结构域四个亚基的每一个亚基生成待筛选的构建结构；3)利用rosetta的能量计算，选取10000个可能结构中能量在前10％的1000个结构，然后分别计算1000个结构两两之间的RMSD值，按照RMSD值进行聚类；根据RMSD值，对每个亚基所生成的可能结构进行聚类；4)对步骤3)的聚类结果，分别选取每一个亚基结构中包含结构数量最多的1‑2类，然后分别利用dDFINE方法进行打分，排序，选取分值高的结构作为相应亚基的初始结构；5)利用Charmm‑GUI首先对初始结构加膜，构建膜蛋白加膜体系，将整个体系利用amber16软件包进行结构优化及分子动力学模拟；确定最终结构。