[发明专利]利用孕妇血浆游离DNA进行胎儿基因型鉴定的方法

摘要

本发明提供了利用孕妇血浆游离DNA进行胎儿基因型鉴定的方法，具体地本发明的方法使用高精确性的二代测序平台，避免对目标区域富集、建库等繁琐操作，克服了现有基于直接测序的检测技术操作复杂、费用昂贵、准确性不高的缺陷，是一种简单快速、低成本、高精确性的血浆游离DNA胎儿基因型的检测技术，在无创产前诊断等领域将会有广泛的应用前景。

主权项

1.一种基因型鉴定方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：(1)提供针对多个待检测位点的多重PCR引物；(2)提供待测DNA、参照DNA和任选地用于位点扩增效率校正的校正DNA；其中，所述待测DNA为孕妇血浆中提取的DNA；所述参照DNA为孕妇血液白细胞中提取的基因组DNA；所述校正DNA为一个或多个正常人的基因组DNA；(3)使用步骤(1)提供的所述多重PCR引物，对相同质量的待测DNA样本和参照DNA样本分别进行多重PCR扩增；(4)对步骤(3)获得扩增产物进行高通量平行测序；(5)分析步骤(4)获得的测序数据，进行测序序列的基因位点归类，统计步骤(2)中所述每个样本中每个目标位点等位基因的测序深度；在待测DNA样本，一个目标位点两个等位基因测序深度分别为Allele1：N1，Allele2：N2；参照DNA样本中，对应的目标位点两个等位基因测序深度分别为Allele1：M1，Allele2：M2；校正DNA样本中，目标位点基因型为杂合的两个等位基因测序深度的平均值或中位数分别为Allele1：Q1，Allele2：Q2；(6)对参照DNA和待测DNA中等位基因的比例进行统计比较；假设某基因位点母亲的基因型为杂合Aa，待测样本中两个等位基因测序深度分别为A：N1，a：N2，参照样本中两个等位基因测序深度分别为A：M1，a：M2，若胎儿的两个等位基因测序深度比例与母亲无显著差异，则胎儿基因型为Aa；若胎儿与母亲有显著差异，且N1/N2>M1/M2则胎儿基因型为AA，反之为aa；假设母亲基因型为纯合AA，待测样本中两个等位基因测序深度分别为A：N1，a：N2，参照样本中两个等位基因测序深度分别为A：M1，a：M2，若胎儿的两个等位基因测序深度比例与母亲无显著差异，则胎儿基因型为AA；若有显著性差异，则胎儿基因型为Aa；假设母亲基因型为纯合aa，待测样本中两个等位基因测序深度分别为A：N1，a：N2，参照样本中两个等位基因测序深度分别为A：M1，a：M2，若胎儿的两个等位基因测序深度与母亲无显著差异，则胎儿基因型为aa；若有显著性差异，则胎儿基因型为Aa。