[发明专利]一种miRNA预测方法、miRNA系统及应用

摘要

本申请公开了一种miRNA预测方法、miRNA系统及应用。本申请的miRNA预测方法包括，(1)设定种子序列长度；(2)按照设定的长度对A、T、C、G四种碱基进行全排列，形成种子序列集；(3)去除种子序列集中冗余序列；(4)搜索种子序列在基因组上的位置，得到位置集；(5)将种子序列位置集，从小到大排列；(6)按位置集的位置遍历，如果前后两个位置序列互补，且距离不大于设定前体序列长度，输出该段序列；(7)采用二级结构预测软件对输出序列进行二级结构预测，获得miRNA，生成该物种的miRNA集。本申请的miRNA预测方法，直接在基因组序列中搜索miRNA，获得的miRNA集更完整，并且，效率高、更便捷，为后续miRNA研究奠定了基础。

主权项

1.一种miRNA预测方法，其特征在于：包括以下步骤，(1)设定种子序列长度；(2)对A、T、C、G四种碱基进行步骤(1)设定的种子序列长度的全排列，形成种子序列集；(3)去除种子序列集中的冗余种子序列，具体包括，如果一条种子序列与另一条种子序列的反向互补序列相同，则只保留其中一条；(4)在步骤(3)剩余的种子序列中，搜索每一条种子序列和其反向互补序列在待测物种的基因组上的位置，得到种子序列位置集；(5)将步骤(4)获得的种子序列位置集，在基因组上，按从小到大的顺序排列；(6)按位置集的位置遍历，如果基因组上相邻的前后两个位置正好是互补序列，且两者的距离小于或等于设定前体序列长度，则输出前面位置对应的种子序列前50bp至后面位置对应的种子序列后50bp的一段核酸序列，作为初选前体序列；(7)采用二级结构预测软件对步骤(6)获得的初选前体序列进行二级结构预测，如果不能形成发夹结构，则弃用该初选前体序列；如果能形成发夹结构，则从发夹结构的起始点开始，逐个碱基向后推移的取20‑25bp的片段及其互补序列片段作为预成熟体，对各个预成熟体进行打分，取其中分数最高者及其互补序列，并给出两者对应的二级结构；(8)合并步骤(7)获得的分数最高的成熟体序列及其对应的互补序列，以及各成熟体序列和其互补序列的二级结构，组成待测物种的miRNA集。