[发明专利]一种Drop‑seq数据质量控制和分析方法

摘要

本发明公开了一种Drop‑seq数据质量控制和分析方法，属于生物学技术领域。其包括以下步骤第一步、使用两个配对的测序文件作为输入文件；第二步、对测序文件进行处理；第三步、测序片段的层面、多细胞的层面、单个细胞的层面以及细胞聚类的层面对Drop‑seq数据进行质量控制流程的开发。第四步、给用户提供一份报告文档。本发明以Drop‑seq数据研究作为出发点，主要涵盖测序片段层面的质量控制、多细胞层面的质量控制以及单个细胞层面的质量控制，借助Drop‑seq数据对单个细胞的标识，针对细胞异质性的特点与来源进行生物信息方法开发，探究细胞异质性对细胞基因表达与表观特征的影响。

主权项

一种Drop‑seq数据质量控制和分析方法，其特征在于：包括以下步骤：第一步、使用两个配对的测序文件作为输入文件；第二步、对测序文件进行处理；第三步、提供以下层面的质量控制的测量；（1）测序片段层面的质量控制包括测序片段的质量、核苷酸的组成以及测序片段的GC含量；（2）多细胞层面的质量控制包括基因区域的覆盖程度和序列回帖率；（3）单个细胞层面的质量控制包括，通过对挑选出的STAMPs计算其测序片段的重复率分布、位于内含子的测序片段的比例和覆盖基因的数目，从而在单细胞层面上对mRNA的捕获效率进行评估；（4）所述细胞聚类层面的质量控制包括，通过计算gap statistic和silhouette score，对样本的异质性进行评估；第四步、给用户提供一份质量控制的报告文档，其中描述了第三步中质量控制的测量值。