[发明专利]大批量单细胞RNA‑seq数据质量控制和分析方法在审
| 申请号： | 201710639452.8 | 申请日： | 2017-07-31 |
| 公开（公告）号： | CN107451424A | 公开（公告）日： | 2017-12-08 |
| 发明（设计）人： | 张勇;张超;施威扬;王璐莹 | 申请（专利权）人： | 浙江绍兴千寻生物科技有限公司 |
| 主分类号： | G06F19/20 | 分类号： | G06F19/20;G06F19/24;G06F19/28 |
| 代理公司： | 绍兴市越兴专利事务所(普通合伙)33220 | 代理人： | 蒋卫东 |
| 地址： | 312000 浙江省绍兴市柯桥区柯桥经*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种大批量单细胞RNA‑seq数据质量控制和分析方法，其特征在于，包括以下步骤第一步、原始测序文件的FASTQ格式或者比对完的SAM/BAM格式作为输入文件，运行相关命令；第二步、测序片段水平的质量控制；第三步、多细胞水平的质量控制；第四步、单个细胞层面的质量控制；第五步、细胞聚类和细胞特异峰的探测；第六步、给用户提供一份质量控制的报告文档。本发明可适用于不同类型的单细胞转录组数据，并对不同类型的大批量的转录组进行质量控制和细胞间的异质性分析。 | ||
| 搜索关键词： | 大批量 单细胞 rna seq 数据 质量 控制 分析 方法 | ||
【主权项】：
大批量单细胞RNA‑seq数据质量控制和分析方法，其特征在于，包括以下步骤：第一步、原始测序文件的FASTQ格式或者比对完的SAM/BAM格式作为输入文件，运行相关命令；第二步、测序片段水平的质量控制；第三步、多细胞水平的质量控制；第四步、单个细胞层面的质量控制；第五步、细胞聚类和细胞特异峰的探测；第六步、给用户提供一份质量控制的报告文档。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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