[发明专利]一种用于在基因序列中快速搜索给定模式的方法

摘要

本发明涉及一种用于在基因序列中快速搜索给定模式的方法，包括以下步骤统计输入序列的背景分布；将各个给定模式的位置频率矩阵转换为PWM矩阵，计算PWM矩阵的阈值K；计算每个PWM矩阵的期望向量；计算每个PWM矩阵的预计算窗口位置；计算每个PWM矩阵的预计算窗口的总排列分值；计算每个PWM矩阵的匹配顺序向量；计算每个PWM矩阵的最大分值向量；通过滑动窗口扫描输入序列，匹配输入序列与各个PWM矩阵，得到匹配成功的结果向量。与现有技术相比，本发明面对多个序列模式匹配，不需要多次扫描和计算匹配，只需要依次搜索即可完成对所有模式的匹配，具有匹配速度快等优点。

主权项

一种用于在基因序列中快速搜索给定模式的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1、统计输入序列的背景分布；S2、将各个给定模式的位置频率矩阵转换为PWM矩阵，根据设定的P值计算PWM矩阵的阈值K；S3、根据步骤S1得到的背景分布计算每个PWM矩阵的期望向量；S4、根据设定的用于预先匹配的预计算窗口的大小和步骤S3得到的期望向量，计算每个PWM矩阵的预计算窗口位置；S5、根据步骤S4得到的预计算窗口位置和预计算窗口的大小，计算每个PWM矩阵的预计算窗口的总排列分值；S6、根据步骤S4得到的预计算窗口位置和步骤S3得到的期望向量，计算每个PWM矩阵的匹配顺序向量；S7、根据步骤S6得到的匹配顺序向量计算每个PWM矩阵的最大分值向量；S8、通过滑动窗口扫描输入序列，根据阈值K、预计算窗口总排列分值、匹配顺序向量和最大分值向量，匹配输入序列与各个PWM矩阵，得到匹配成功的结果向量。