[发明专利]一种基于下一代测序的多基因融合检测方法

摘要

本发明提供一种新的多基因融合嵌合转录物的基因伙伴和断点检测方法MF‑PE，属于基因检测技术领域，该方法基于下一代测序双端读长（Paired End Read）和机器学习序列比对进行多基因融合检测，从而进一步为临床检测癌症提供判断依据。本发明提供的检测方法具有高敏感度和阳性预测值，非常适合用cfDNA的嵌合转录物的基因伙伴和断点检测。

主权项

一种基于下一代测序的多基因融合检测方法，其特征至于，其包括如下步骤：步骤S10预处理和映射：将经过测序的原始序列数据通过脚本程序去除低质量读和重复读，再通过按碱基逐一比对对双端序列的计算融合度能量值，使用BWM MEM算法将原始双端读长序列映射到参考序列；步骤S20建立候选多基因融合数据库：将候选多基因融合，通过程序算法过滤嵌合转录物的高度同源基因伙伴，再建立仿真嵌合转录物参考序列数据库；步骤S30检测多基因融合断点：通过BWA MEM算法将步骤S10处理后的序列读和步骤S20中建立的仿真嵌合转录物参考序列进行比对，通过CIGAR分析，若有2对读横跨2个基因断点并且具有唯一的映射，且长度不低于8个碱基，则确认融合断点，执行步骤S50；若不能直接比对，则执行步骤S40；步骤S40仿真嵌合转录物参考序列切割比对检测融合断点：将不能直接比对的读进行3分切割，通过BWA MEM算法进行细微比对，再确认融合断点；步骤S50确认mapping：根据步骤上S30和步骤室S40的比对值进行mapping优化，取加权mapping质量高为最终mapping。