[发明专利]一种基于高通量测序技术的宏转录组数据分析方法

摘要

本发明公开的一种基于高通量测序技术的宏转录组数据分析方法，包括如下步骤(1)获得高质量数据集；(2)得到mRNA的转录本序列集；(3)获得非冗余蛋白序列集；(4)获得各等级的功能类群丰度谱并进行分析；(5)对基因序列进行物种注释，获得种以及种以下精细水平的物种组成谱，并进行分析；(6)基于上述获得的功能丰度谱和物种组成谱，进一步对宏转录组样本进行Alpha和Beta多样性分析，进而依靠多种多变量统计学方法筛选得到宏基因组中的关键生物标记物；(7)通过多种数据可视化和交互式工具，绘制二维/三维图表，全方位、客观地呈现以上分析结果；(8)根据样本来源，选择特定的功能数据库进行注释分析。

主权项

一种基于高通量测序技术的宏转录组数据分析方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)对高通量测序下机的双端序列原始数据进行质量筛查，获取可用于下游宏转录组学分析的高质量数据集；(2)对高质量序列进行核糖体RNA序列预测和剔除，得到mRNA的转录本序列集；(3)对每个样本分别进行宏转录组序列拼接组装，构建宏转录组Contigs和Scaffolds序列集，并进行基因预测，获得非冗余蛋白序列集；(4)对蛋白序列用多种常用数据库进行功能注释，获得各等级的功能类群丰度谱，并进行差异比较分析、代谢通路富集分析、聚类分析；(5)对基因序列进行物种注释，获得种以及种以下精细水平的物种组成谱，并进行差异比较分析、聚类分析、物种组成丰富度和均匀度分析和关联网络分析；(6)基于上述获得的功能丰度谱和物种组成谱，可以进一步对宏转录组样本进行Alpha和Beta多样性分析，进而依靠多种多变量统计学方法筛选得到宏基因组中的关键生物标记物；(7)通过多种数据可视化和交互式工具，绘制二维/三维图表，全方位、客观地呈现以上分析结果；(8)根据样本来源，选择特定的功能数据库进行注释分析。