[发明专利]基于关联分析和KASP开发waxy1基因内分子标记

摘要

本发明公开了基于关联分析及KASP开发waxy1基因内分子标记；主要是通过全基因组关联分析和候选基因关联分析技术，找到位于waxy1基因内与直连淀粉含量极显著相关的一个InDel和两个SNP标记。所检测到的InDel标记为中国糯玉米的主要突变类型，本发明基于该InDel开发的标记可通过琼脂糖胶对糯玉米材料进行鉴定，相比以往的聚丙烯酰胺胶鉴定更加方便快捷；同时通过对59份玉米自交系材料的waxy1基因序列区域进行配对连锁不平衡检验，验证了该InDel标记与两个SNP标记紧密连锁，并开发了基于KASP技术的两个SNP的引物，可实现对糯玉米材料快速高效准确的鉴定，对糯玉米分子育种具有促进作用。

主权项

一种基于关联分析及KASP技术开发waxy1基因内分子标记的方法，其特征在于，通过碘染法测定了多份玉米自交系的直链淀粉含量并结合其对应的重测序基因型数据，以waxy1作为候选基因进行关联分析，获得waxy1基因内与直链淀粉含量显著相关的一个indel和两个snp分子标记，并通过配对连锁不平衡检验验证了indel标记与两个snp标记紧密连锁，并利用KASP技术设计了两个snp的引物可实现对糯质玉米的鉴定。