[发明专利]基于转录组测序开发艾纳香SSR引物的方法有效
| 申请号： | 201710774670.2 | 申请日： | 2017-08-31 |
| 公开（公告）号： | CN108192893B | 公开（公告）日： | 2021-06-04 |
| 发明（设计）人： | 官玲亮;庞玉新;陈振夏;于福来;王凯;谢小丽;江芊 | 申请（专利权）人： | 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所 |
| 主分类号： | C12N15/11 | 分类号： | C12N15/11;C12Q1/6895;C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 深圳市千纳专利代理有限公司 44218 | 代理人： | 李平 |
| 地址： | 57173*** | 国省代码： | 海南;46 |
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| 摘要： | 本发明提供一种基于转录组测序开发艾纳香SSR引物的方法：获得艾纳香基因组转录的集合，形成序列数据库；用Trinity将测序序列拼接成一个转录组，取每条基因中最长的转录本作为Unigene；Unigene序列生物信息学分析；采用MISA1.0对Unigene进行SSR检测；用Primer3进行SSR引物设计，进行SSR引物多态性鉴定。本发明成功设计17979对SSR引物，筛选与活性成分代谢途径相关的30对引物，对不同来源地的9份艾纳香DNA进行验证，其中多态性引物共有27对，利用这27对SSR引物可以区分不同地理来源的艾纳香植物材料。本发明为艾纳香SSR引物开发提供了新思路。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 转录 组测序 开发 艾纳香 ssr 引物 方法 | ||
【主权项】：
1.一种艾纳香SSR引物对，其特征在于，所述艾纳香SSR引物对的序列如SEQ ID No.1‑2所示、如SEQ ID No.3‑4所示、如SEQ ID No.5‑6所示、如SEQ ID No.7‑8所示、如SEQ ID No.9‑10所示、如SEQ ID No.11‑12所示、如SEQ ID No.13‑14所示、如SEQ ID No.15‑16所示、如SEQ ID No.17‑18所示、如SEQ ID No.19‑20所示、如SEQ ID No.21‑22所示、如SEQ ID No.23‑24所示、如SEQ ID No.25‑26所示、如SEQ ID No.27‑28所示、如SEQ ID No.29‑30所示、如SEQ ID No.31‑32所示、如SEQ ID No.33‑34所示、如SEQ ID No.35‑36所示、如SEQ ID No.37‑38所示、如SEQ ID No.39‑40所示、如SEQ ID No.41‑42所示、如SEQ ID No.43‑44所示、如SEQ ID No.45‑46所示、如SEQ ID No.47‑48所示、如SEQ ID No.49‑50所示、如SEQ ID No.51‑52所示、或如SEQ ID No.53‑54所示。
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