[发明专利]一种基因序列比对的云计算加速方法有效
| 申请号： | 201710880756.3 | 申请日： | 2017-09-26 |
| 公开（公告）号： | CN107704728B | 公开（公告）日： | 2021-01-19 |
| 发明（设计）人： | 董守斌;刘柽;张铃启 | 申请（专利权）人： | 华南理工大学 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10 |
| 代理公司： | 广州市华学知识产权代理有限公司 44245 | 代理人： | 冯炳辉 |
| 地址： | 510006 广东省*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基因序列比对的云计算加速方法，包括步骤：1)对基因测序仪的下机数据文件Fastq进行预处理，以保证数据分发时数据的完整性；2)通过Spark对修改后的基因测序数据完成多节点分发；3)对每个节点所获得的修改后的基因数据，恢复其原有Fastq文件格式；4)每个节点通过Spark中的pipe算子执行基因序列比对程序脚本，运行结果存储在Spark的弹性分布式数据集RDD中；5)运行结果保存在诸如HDFS、Amazon、S3等分布式文件系统。本发明采用一种更简单的方式将比对工具运行在Spark框架上，不仅可以很好的利用Spark的机制进行多机计算的调度、数据的分发、监控和容错，而且相较于JNI的实现方式，开发门槛低，代码维护简单，性能更好，扩展性可接近线性。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基因 序列 计算 加速 方法 | ||
【主权项】：
一种基因序列比对的云计算加速方法，其特征在于，包括以下步骤：1)对基因测序仪的下机数据文件Fastq进行预处理，以保证数据分发时数据的完整性；2)通过Spark对修改后的基因测序数据完成多节点分发；3)对每个节点所获得的修改后的基因数据，恢复其原有Fastq文件格式；4)每个节点通过Spark中的pipe算子执行基因序列比对程序脚本，运行结果存储在Spark的弹性分布式数据集RDD中；5)运行结果保存在分布式文件系统。
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