[发明专利]一种提高无参转录组微卫星标记多态性的筛选方法有效
| 申请号： | 201711077448.3 | 申请日： | 2017-11-06 |
| 公开（公告）号： | CN107604047B | 公开（公告）日： | 2020-12-22 |
| 发明（设计）人： | 马爱军;崔文晓;黄智慧;刘志峰;刘晓菲;杨凯;张薇;唐启政;庄娇;曲江波 | 申请（专利权）人： | 中国水产科学研究院黄海水产研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/6827 | 分类号： | C12Q1/6827 |
| 代理公司： | 北京科亿知识产权代理事务所(普通合伙) 11350 | 代理人： | 汤东凤 |
| 地址： | 266071 山*** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | 本发明提供一种提高无参转录组微卫星标记多态性的筛选方法，属于分子生物学领域，所述方法的筛选原则和步骤依次为，初步选择重复次数为主流文献推荐的重复次数的微卫星；其次选择每个样品的FPKM平均值≥40的微卫星；然后选择FPKM值差的绝对值≥20的微卫星；然后选择微卫星所在基因片段≥400的微卫星；然后去除处在基因片段头或者尾的微卫星；最后利用BSA技术对微卫星进行筛选。本发明方法为第一个系统化的转录组微卫星筛选方法，首次全面确定了多个筛选条件，避免了单个条件降低筛选的效果和准确度；本发明首次根据二代测序的特点，明确了转录组中微卫星筛选的先后条件，避免重复性筛选以及条件错位引起的微卫星标记的遗漏。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 提高 转录 卫星 标记 多态性 筛选 方法 | ||
【主权项】：
一种提高无参转录组微卫星标记多态性的筛选方法，其特征在于它的步骤如下：(1)测定的生物体无参转录组得到微卫星位点，首先根据重复类型的重复次数，初步选择重复次数为主流文献推荐的重复次数的微卫星；(2)其次根据每个样品的FPKM平均值，从步骤(1)筛选后的微卫星中选择FPKM平均值≥40的微卫星；(3)然后根据实验样品与对照组FPKM值差，从步骤(2)的选择结果中选择FPKM值差的绝对值≥20的微卫星，缩小筛选范围；(4)然后根据微卫星所在基因片段大小，从步骤(3)的选择结果中选择微卫星所在基因片段≥400的微卫星，再次缩小筛选范围；(5)然后在步骤(4)得到的结果中去除处在基因片段头或者尾的微卫星；(6)最后利用BSA技术对步骤(5)的微卫星进行筛选。
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