[发明专利]一种DNA修复基因在大肠癌中的临床研究方法

摘要

本发明公开了一种DNA修复基因在大肠癌中的临床研究方法，包括数据下载和预处理、DNA修复基因表达谱聚类分析、预处理筛选潜在变化的DNA修复基因、筛选影响预后的DNA修复基因、风险评估模型的建立和评估、风险评估模型与临床特征之间的关联分析、风险评估模型显著性相关的临床特征分层分析、驱动基因功能富集分析等步骤，通过表达谱对DNA修复基因进行分析和挖掘找到了16个影响大肠癌预后的关键DNA修复基因，其表达异常的就会影响病人的生存时间；同时，通过16个DNA修复基因的构建了风险评估模型，该风险评估模型对预后具有较好的分类效果，其共包含9个DNA修复基因，外部数据验证这9个DNA修复基因对预后存在显著的影响。

主权项

一种DNA修复基因在大肠癌中的临床研究方法，其特征在于，包括如下步骤：S1：数据下载和预处理：从GEO数据库获取表达谱数据，并对数据进行标准化处理，再将探针对应到基因上，除去空载探针，多个探针对应到一个基因的取均值，最终筛选出具有表达水平的DNA修复基因表达谱；S2：DNA修复基因表达谱聚类分析：通过无监督聚类方法对DNA修复基因的表达谱进行聚类，筛选DNA修复基因表达模式不同的样本，进一步的分析不同的表达模式下的样本的预后差异；S3：预处理筛选潜在变化的DNA修复基因：包括基因在各样本中表达水平的中位数和方差；S4：筛选影响预后的DNA修复基因：将得到的在疾病样本中潜在变化的基因使用R包survival分别做单因素生存分析，选择显著性水平p＜0.05的基因作为影响预后的DNA修复基因；S5：风险评估模型的建立和评估：采用多因素cox回归，基于回归系数，组合通过回归系数加权的基因表达建立病人风险评估系统，得出每个病人的风险值进行评估；S6：风险评估模型与临床特征之间的关联分析：根据风险评估系统，计算样本的风险得分，以风险得分中位数为界限，将样分为高风险和低风险类型，并结合样本对应的各个临床信息，分析风险得分与各个临床特征之间的关系；S7：风险评估模型显著性相关的临床特征分层分析：根据步骤S6的分析结果，对筛选得到的与高低风险显著相关的临床特征进行分层分析，观察模型中的基因在高低风险组中的表达情况；S8：使用ROC(Receiver Operating Characteristic)曲线和AUC常来评价风险评估模型的优劣；S9：驱动基因功能富集分析：将各亚型的驱动基因使用R包clusterProfiler做功能富集分析，观察驱动基因参与KEGG通路；S10：外部数据验证驱动基因的临床意义：使用TCGA的RNASeq数据，包括379个样本以及临床随访信息，使用这套数据验证模型基因对预后的影响。