[发明专利]一种转录组测序和基于iTRAQ联合LC‑MALDI的差异蛋白组学分析方法

摘要

本发明公开了一种转录组测序和基于iTRAQ联合LC‑MALDI的差异蛋白组学分析方法，①转录组测序②差异蛋白组学分析提取正常组和肝癌组大鼠肝脏总蛋白液，将两组分别混合，采用丙酮沉淀法将蛋白质沉淀后定量，使每组约含100ug总蛋白，依次进行进行胰酶酶解、还原烷基化、iTRAQ标记等，过程严格遵照iTRAQ试剂盒说明书进行；③生物信息学分析本发明采用临床样本对其进行定位定量的表达验证，寻找其与临床相关性的证据，评价临床价值，为肝癌发病学和肝癌机制研究提供新的线索。课题筛选的肝癌关键分子将为探索与早期发现、分类、评价预后相关的肝癌标志物,以及选择更加有效、准确的肝癌治疗靶位奠定研究基础。

主权项

一种转录组测序和基于iTRAQ联合LC‑MALDI的差异蛋白组学分析方法，其特征在于：由以下步骤组成：①转录组测序：提取正常和肝癌大鼠肝脏总RNA,过程中注意避免RNA酶，测量OD值后确定样本浓度，分别混合正常组和肝癌组大鼠肝脏总RNA，使两个混合样本的RNA含量均在100ug以上，分离纯化mRNA, 使其含量达5‑400ng，构建全转录组文库，制备模板并采用Ion proton系统进行定量测序；②差异蛋白组学分析：提取正常组和肝癌组大鼠肝脏总蛋白液，将两组分别混合，采用丙酮沉淀法将蛋白质沉淀后定量，使每组约含100ug总蛋白，依次进行进行胰酶酶解、还原烷基化、iTRAQ 标记等，过程严格遵照iTRAQ试剂盒说明书进行；将iTRAQ标记后的正常组和肝癌组大鼠肝脏酶解产物等量混合，进行一维SCX和二维nano‑LC色谱分离后，进入质谱仪分析；③生物信息学分析： 分别对转录组测序和差异蛋白组学数据进行数据覆盖度、对比信息统计等，寻找肝癌中转录和蛋白表达均显示差异的分子进行新转录本及注释、表达量分析和差异表达分析、差异表达聚类分析、差异表达基因的功能注释分析等数据挖掘工作，筛选肝癌相关关键功能节点及肿瘤分子。