[发明专利]基于细胞的探询式分析及其应用

摘要

本文描述的是一个用于通过建模来分析生物系统或过程(例如，疾病状态，如癌症)的发现平台技术。

主权项

1.一种用于鉴别血管生成的调节子的方法，所述方法包括：(1)使用与血管生成相关的细胞建立血管生成的模型来代表血管生成的特征性方面；(2)从所述血管生成的模型获得第一数据集，其中所述第一数据集代表表征所述与血管生成相关的细胞的基因组学数据、脂质组学数据、蛋白质组学数据、代谢组学数据、转录组学数据和单核苷酸多态性(SNP)数据中的一种或多种；(3)从所述血管生成的模型获得第二数据集，其中所述第二数据集代表与血管生成相关的细胞的一种或多种功能活性或细胞反应；(4)使用编程的计算设备，仅仅基于所述第一数据集和第二数据集生成所述表征与血管生成相关的细胞的基因组学数据、脂质组学数据、蛋白质组学数据、代谢组学数据、转录组学数据和单核苷酸多态性(SNP)数据中的一种或多种与所述与血管生成相关的细胞的一种或多种功能活性或细胞反应之间的第一因果关系网络，其中所述第一因果关系网络是包括关于所述表征与血管生成相关的细胞的基因组学数据、脂质组学数据、蛋白质组学数据、代谢组学数据、转录组学数据和单核苷酸多态性(SNP)数据中的一种或多种与所述与血管生成相关的细胞的一种或多种功能活性或细胞反应之中的关系的定量概率定向信息的因果关系贝叶斯网络，且其中所述因果关系网络的生成不基于所述第一数据集和第二数据集以外的任何已知的生物学关系；(5)从所述第一因果关系网络和基于对照细胞数据的第二因果关系网络生成差异因果关系网络；和(6)从该生成的差异因果关系网络鉴别在血管生成中独特的因果关系，其中与该独特的因果关系相关的基因、脂质、蛋白质、代谢产物、转录物或SNP被确定为血管生成的调节子。