[发明专利]使用优化的低聚物调度用于质谱生物聚合物分析的方法

摘要

一种用于检测已知生物聚合物分子列表的方法，该方法包括：对于每种生物聚合物，计算预测由化学处理产生的对应的低聚物分子列表；对于每种低聚物分子，计算对应的预测的色谱洗脱时间段；对于每种生物聚合物分子，指定一种或多种选择的低聚物分子进行检测，其中该选择是使用从这些预测洗脱时间确定的加权选择概率进行的；调度检测系统的多个低聚物检测事件，其中每个低聚物检测事件对应于这些预测的洗脱时间段中的一个对应的时间段；进行该样品的化学反应或处理以产生经处理的样品；将该经处理的样品引入一个色谱系统中；将任何洗脱低聚物引入该检测系统中；并且运行该检测系统以便根据这些经调度的检测事件搜索这些选择的低聚物分子中的每一种。

主权项

一种用于通过运行液相色谱和质谱仪来检测已知蛋白质分子列表中的两种或更多种蛋白质分子中的每一种在样品内的存在或量值的方法，该方法包括：对于所述已知蛋白质分子列表中的每种蛋白质分子，计算预测由该对应的蛋白质分子的胰蛋白酶消解产生的对应的肽列表；对于每个预测产生的肽列表中的每种肽计算对应的预测的色谱洗脱时间段；对于每种蛋白质分子，指定选自该对应的预测肽列表的一种或多种肽作为该对应的蛋白质分子的代理，其中该选择是使用从这些预测肽的色谱洗脱时间确定的一组加权选择概率进行，其中对加权选择概率的选择使得经调度的肽检测事件的重叠数目相对于时间是基本上均匀的；选择概率加权因子远离最大数目的肽共洗脱的时间逐渐增大或对加权选择概率的选择使得选择概率加权因子远离平均肽洗脱时间逐渐增大；调度质谱仪的多个肽检测事件，其中每个肽检测事件对应于指定的肽的一个对应的色谱洗脱时间段；进行该含蛋白质样品的胰蛋白酶消解以便产生经处理的样品；将该经处理的样品引入液相色谱系统中，这样使得从该液相色谱系统洗脱的肽被引入质谱仪中；并且运行质谱仪以便根据肽检测事件的时间段来搜索指定的肽中的每一种的存在或量值。