[发明专利]一种用于检测动物类群线粒体基因组重排的方法

摘要

本发明公开了关于用于检测动物类群线粒体基因组重排的方法。属于分子生物学和生物信息学领域。依据本发明中关于动物类群线粒体基因组重排情况所提出的想法和实施方案，通过计算基因的重排累加值CSR和相对重排频率值rCSR，我们可以量化动物类群中线粒体基因组每个基因的重排情况，并进一步获得某一研究类群的重排保守区段和重排高频区段的位置，还可以对不同类群中的相同的基因的重排频率进行横向比较。

主权项

1.一种用于检测动物类群线粒体基因组重排的方法，其特征在于：提出了一种能够量化动物类群中线粒体基因组每个基因的重排情况的新算法，其具体公式如下：其中CSR值是重排累加值，表示A基因的重排累加值，X_n表示该基因在其中一个物种中的重排频率值，n是研究类群的所有物种数，rCSR是相对重排频率值，rCSR_A表示A基因的相对重排频率值；其中，在选定参考基因排序后，重排频率值X_n的计算方法如下：①相对于基准排序，如果该基因左右两侧相邻基因不变，则不给该基因加分；②如果左侧或是右侧相邻基因发生了改变，则给该基因加1分；③如果被考察基因出现缺失，串联重复或是其两侧相邻的基因均发生了改变，则给该基因加2分。