[发明专利]一种筛选急性髓系白血病DNA甲基化预后标志物的方法

摘要

本发明公开了一种筛选急性髓系白血病DNA甲基化预后标志物的方法，包括如下步骤：（1）采集样本和收集临床资料；（2）制备样本；（3）提取基因组DNA；（4）全基因组CpG位点甲基化捕获测序：（5）甲基化测序数据分析，筛选出标志物。本发明应用全基因组CpG位点甲基化捕获测序技术检测急性髓系白血病DNA甲基化并进行预后分析，通过整合遗传学和表观遗传学信息，筛选到了具有预后指导意义的受DNA甲基化调控的基因标志物，指导AML的精准诊疗，从而提高疗效，改善患者预后。

主权项

1.一种筛选急性髓系白血病DNA甲基化预后标志物的方法，其特征在于包括如下步骤：（1）采集样本和收集临床资料；（2）制备样本；（3）提取基因组DNA；（4）全基因组CpG位点甲基化捕获测序，步骤如下：a)首先，构建文库：进行DNA的片段化，末端修复，加“A”， 接头连接，Bisulfite处理，PCR扩增及产物纯化，最后得到纯化产物；b)目标区域捕获测序：杂交前文库与芯片温浴杂交，目的DNA片段洗脱，目的DNA片段的PCR扩增，测序；（5）甲基化测序数据分析：首先，进行数据过滤及比对：将步骤（4）中的测序数据进行过滤，去掉低质量数据，得到可用数据，数据检测合格后，将可用数据与参考基因组进行比对，得到比对结果，在确认比对质量合格后，使用唯一比对数据得到C 碱基甲基化信息，进行信息分析处理，得到标准信息分析结果和个性化分析结果；然后，捕获区域的深度和覆盖度分析：分析不同Reads测序深度下的捕获区域的覆盖度，并分析C碱基有效测序深度的累积分布，甲基化C碱基在基因组上的分布包含三种形式即CG，CHG和CHH，其中H代表A或T或C碱基；进行甲基化位点识别及计算甲基化水平，计算各类型mC的位点数目及其在全部mC的位点中所占的比例，并计算甲基化水平；分析差异甲基化区域：在多个不同分组间、不同基因区域寻找符合条件的差异甲基化区域DMRs，将找到的DMRs注释到基因体，比较DMRs在基因体不同区域分布情况；筛选差异甲基化基因：对差异甲基化基因进行GO富集性分析和KEGG富集性分析，确定差异甲基化基因所参与的主要生化代谢途径及信号转导途径，最后筛选出一组12个与遗传学预后相关、受DNA甲基化调控的功能性差异甲基化基因，即：BARD1，BCL9L，CLEC11A，DEFB1，FOXD2，IGF1，IL18，ITIH1，LSP1，P2RX6，RNASE3和TUBGCP2。