[发明专利]基于半导体测序的PKU致病基因突变检测方法及装置

摘要

本发明公开了一种基于半导体测序的PKU致病基因突变检测方法及装置。本发明通过构建本地突变数据库，全面反映检测范围内可能存在的背景噪音，能有效区分突变的真假阳性，解决了半导体测序平台固有的均聚碱基测序错误导致PKU检测背景噪音大的问题，并且可以较好控制不同批次测序质量的影响，提高了检测的准确性和稳定性，尤其适用于Proton平台。

主权项

1.基于半导体测序的苯丙酮尿症致病基因突变检测方法，所述方法用于非疾病诊断目的，包括如下步骤：S1：针对苯丙酮尿症致病基因构建用于半导体测序的扩增子文库，将待测样本的扩增子文库上机测序，获得测序序列；S2：将测序序列与人类基因组参考序列进行序列比对，根据比对结果进行质控过滤；S3：将质控过滤后的测序序列进行变异分析，获取原始变异检测结果；S4：使用本地突变数据库对待测样本的原始变异检测结果进行校正；其中，本地突变数据库的构建方法包括：汇集至少30个阴性对照样本的原始变异检测结果，统计各位置上各类型变异的出现次数、变异频率，变异深度，相关参数的中位值和标准差，形成本地突变数据库；构建本地突变数据库时，统计深度＞20X的变异；需要进行校正的原始变异检测结果包括：变异频率在0.15～0.4的碱基替换变异和单碱基插入缺失变异；校正的方法包括：以正态分布作为模型，通过计算偏离度Z值，如果Z值≤2.5，则将待测样本在该位置上的该变异剔除；其中，Z值＝(待测样本变异频率‑本地突变数据库对应变异频率中位值)/本地突变数据库对应变异频率标准差；S5：对校正后的所有变异检测结果进行格式转换和变异注释，并参照人群频率数据库进行过滤，确定最终突变检测结果；参照人群频率数据库进行过滤的方法包括：如果在本地突变数据库中该变异的变异频率大于30％，而在人群频率数据库中所述变异的变异频率小于5％，则检验其Z值；如果Z值小于3，则作为假阳性突变过滤。