[发明专利]基于高通量测序技术检测α、β地贫基因型的方法

摘要

本发明公开了一种基于高通量测序技术检测α、β地贫基因型的方法，该方法包括以下步骤提取待测样本DNA后打断成DNA片段，在其5’端和3’端连接接头序列，以及连接索引序列；经过扩展和纯化，再与索引多聚物、COT人类DNA、磁珠共混纯化；产物再与探针杂交，杂交产物与捕获磁珠进行热孵育，从而将杂交产物锚定在捕获磁珠上；再做扩增后得到DNA文库；DNA文库上机测序；最终得到相应位点的突变情况。本发明的方法能够同时检测部分α地中海贫血和/或β地中海贫血，检测效率得到提高。另外，本发明的结果可靠，通过测序数据分析结果，可以获得直观测序信息，直接确定缺失或突变位点，可不受排除临界值等不确定结果影响判断。

主权项

一种检测α、β地贫基因型的方法，其特征在于包括以下步骤：(1)提取待测样本的DNA，并将DNA打断成长度为180‑220bp的DNA片段；(2)在DNA片段的3’端连接一个A；(3)在步骤(2)的DNA片段的5’端和3’端连接上接头序列；此外，来自不同患者样本的DNA片段连接上不同的索引序列；(4)将步骤(3)的DNA片段进行纯化、PCR扩增，和再次纯化；(5)将步骤(4)的DNA片段与索引多聚物、COT人类DNA、磁珠共混纯化；共混纯化后的产物再与带有生物素标记的探针杂交，得到杂交产物；所述的索引多聚物与步骤(3)的接头序列互补；(6)将步骤(5)的杂交产物与捕获磁珠进行热孵育，所述的捕获磁珠上带有能与步骤(5)所述探针上的生物素专一结合的亲和素，从而将杂交产物锚定在捕获磁珠上；(7)将步骤(6)已固定有杂交产物的捕获磁珠做PCR扩增，得到DNA文库；(8)将得到的DNA文库上机测序；所得数据转换成fastq文件，按barcode进行拆分；使用fastQC进行数据质量过滤，通过BWA软件比对参考序列，通过Samtools和Picard进行转换，提取比对上的reads进行分析，对CNV的数据分析确定缺失位置，使用GATK进行call SNP，最终得到相应位点的突变情况。