[发明专利]用于早产结果的早期风险评估的方法和系统

摘要

公开了用于评估怀孕受试者的早产风险的系统和方法。现有的早产风险评估方法在妊娠的晚第二个或第三个三个月提供结果，因此可用于医疗建议的时间很少。本文公开的方法和系统在妊娠的15周内预测早产风险。从来自怀孕受试者的微生物组样本获得微生物组表征数据。根据微生物组表征数据生成的“微生物分类丰度简档”包含微生物组样本中存在的微生物的丰度值。针对“微生物分类丰度简档”计算“分类构成偏度”值和分布特征值，量化来自微生物分类丰度简档的微生物的丰度值的偏差。基于集合DSR的分布特征值或“分类构成偏度”值确定早产的风险，其中集合DSR包括量化了来自微生物组样本的微生物的丰度值中的偏差的值。

主权项

1.一种用于评估怀孕受试者的早产风险的方法，所述方法包括：由硬件处理器202接收微生物组样本的“微生物分类丰度简档”，其中所述微生物组样本从怀孕受试者获得；并且其中所述微生物分类丰度简档包含所述微生物组样本中存在的多种微生物中的每种的丰度值；由所述硬件处理器202针对所述“微生物分类丰度简档”，计算“分类构成偏度”值和分布特征值中的至少一个，其中所述“分类构成偏度”值和所述分布特征值量化了来自所述微生物分类丰度简档的所述多种微生物的丰度值的偏差，其中对所述“分类构成偏度”值和所述分布特征值的计算包括，a)通过计算来自所述微生物分类丰度简档的所述多种微生物的丰度值的总和来获得总种群计数“M”；b)创建包含来自所述微生物分类丰度简档的所述多种微生物中的每种的丰度值的经排序的列表“L”，其中所述经排序的列表“L”包括存在于所述微生物分类丰度简档中按丰度值的递增次序或递减次序排名的多种微生物中的每种的丰度值，并且其中，当列表L按丰度值的递增次序排序时，经排序的列表“L”中排名靠前的一个或多个条目对应于“稀疏分类群”并且经排序的列表“L”中排名垫底的一个或多个条目对应于“优势分类群”，而当列表L按丰度值的递减次序排序时，经排序的列表“L”中排名靠前的一个或多个条目对应于“优势分类群”并且经排序的列表“L”中排名垫底的一个或多个条目对应于“稀疏分类群”；c)计数其累积丰度≥总种群计数“M”的i％的“稀疏分类群”的最小数量(STi)，其中当列表L按递增次序排序时，丰度值按经排序的列表“L”中每种微生物的递增排名的次序逐渐累积，或者，计数其累积丰度≥总种群计数“M”的i％的“稀疏分类群”的最小数量(STi)，其中当列表L按递减次序排序时，丰度值按经排序的列表“L”中每种微生物的递减排名的次序逐渐累积，并且其中“i”是整数或分数；d)计数其累积丰度≥总种群计数“M”的j％的“优势分类群”的最小数量(DTj)，其中当列表L按递增次序排序时，丰度值按经排序的列表“L”中每种微生物的递减排名的次序逐渐累积，或者计数其累积丰度≥总种群计数“M”的j％的“优势分类群”的最小数量(DTj)，其中当列表L按递减次序排序时，丰度值按经排序的列表“L”中每种微生物的递增排名的次序逐渐累积，并且其中“j”是整数或分数；e)重复步骤“c”和“d”以获得针对预定义范围的“i”值和“j”值的STi和DTj的计数，以分别生成两个值集合“ST”和“DT”，其中i和j属于预定义范围内的两个相同的算术级数，并且其中所述算术级数的连续项之间的公差是预定义的整数或预定义的分数值；f)计算集合“DT”和集合“ST”的笛卡尔乘积，以获得包含对应于DTj值和STi值的多个有序对的集合“C”；g)通过针对所述集合“C”中的每个有序对而计算(DTj÷STi)来导出集合“DSR”；h)计算所述集合“DSR”的所述分布特征值，其中所述集合“DSR”的所述分布特征值包括所述集合DSR的集中趋势值；i)通过对包括所述集合“DSR”的集中趋势值的所述分布特征值应用数学变换来计算所述“分类构成偏度”值；由所述硬件处理器202基于所述集合DSR的所述集中趋势值、所述集合“DSR”的所述分布特征值或所述“分类构成偏度”值中的至少一个来确定所述怀孕受试者的早产风险。