[发明专利]用于分子探针的数据驱动设计、合成和应用的系统和方法

摘要

本发明公开了用于设计和合成从样品的靶基因组捕获代表性基因组变体样本的探针的方法和系统。该方法包括提供多重序列比对(MSA)，设计多个代表性子序列，以及可选地合成核酸探针。设计步骤可以包括在MSA中指定多个间隔，移动每个MSA子集的起始位置，在每个调整的子集内聚类对齐的子序列，以及确定每个简化的MSA子集的代表性序列。本发明公开内容还包括使用本发明探针设计从样品中分离靶基因组亚区的多个核酸变体的方法，以及所述探针组合物。

主权项

以下权利要求书要求保护本发明的实施方式的排他的权利和特权。一种用于分离靶基因组结构域的多个核酸变体的探针的合成方法，包括：(a)提供所观察到的所述靶基因组结构域的变体的核酸序列的多重序列比对(MSA)；(b)设计多个代表性子序列，包括：(i)在MSA的长度内指定多个间隔，其中每个间隔由具有所观察到的变体的比对的核酸子序列的MSA子集组成，其中每个MSA子集有不同的起始位置；(ii)将MSA内每个MSA子集的起始位置独立地在指定方向上移动指定核酸数的位置，以提供经调整的MSA子集，其具有所述观察到的变体的比对的经调整的核酸子序列；(iii)可选地，独立地评估每个经调整的MSA子集是否符合终止标准，如果经调整的MSA不符合终止标准，则重复步骤(ii)；(iv)独立地在每个经调整的MSA子集内对比对的核酸子序列进行聚类，以提供对应于每个经调整的MSA子集的简化的MSA子集；和(v)确定每个简化的MSA子集的代表性子序列；以及(c)合成对应于每个简化的MSA子集的至少一个核酸探针，其中每个核酸探针包含代表相应的提纯的MSA子集的代表性子序列或其互补序列。